По материалам оперативной разработки прошло пятьдесят советских и три немецких специалиста. Следствие по делу было скорым, и уже в мае 1928 года «саботажники» предстали перед судом. Процесс носил публичный характер и проходил в Москве в Доме Союзов. В ходе судебного разбирательства, широко освещавшегося в прессе, внешне была соблюдена формальная сторона дела: прокуроры, как положено, обвиняли, адвокаты защищали, судьи выслушивали прения сторон и самих обвиняемых. Завершился процесс вынесением относительно «мягкого» приговора: одиннадцать «саботажников» приговорили к смертной казни, а шестерых оправдали. Но его итог был предопределен еще за месяц до открытия судебных слушаний. В апреле, выступая на пленуме ЦК ВКП (б), Сталин, ссылаясь на материалы еще не переданного в суд «шахтинского дела», зловеще вещал:
Однако политический результат «шахтинского дела» вряд ли в полной мере мог удовлетворить Сталина. Он показал, что не все еще подвластно его воле. Одиннадцать осужденных из пятидесяти трех — это не то, на что он, видимо, рассчитывал. «Засоренность» партии и органов троцкистами и зиновьевцами мешала вождю в проведении его линии на построение социализма в стране.
Прошло совсем немного времени, и следующий процесс над «вредителями», «саботажниками» и «контрреволюционерами», проходившими по так называемому «делу Промпартии», на этот раз оказался весьма близок к сценарию главного режиссера — Сталина. Свыше двух тысяч осужденных инженерно-технических работников, «пытавшихся сорвать выполнение плана первой пятилетки», стали убедительным доказательством его теории обострения классовой борьбы в условиях активного строительства социализма.
На этот раз ОГПУ не подкачало и наглядно продемонстрировало свои неограниченные возможности в борьбе с политическими противниками и инакомыслящими. Теперь Сталин мог не сомневаться в исходе схватки с такими политическими тяжеловесами, как Зиновьев, Каменев, Томский, Рыков, Радек, Рютин, Бухарин и другие, время от времени продолжавшими выступать против его подходов к проведению индустриализации и коллективизации в стране. С 1935 года один за другим в стране разворачиваются все более масштабные судебные процессы над участниками «Московского центра», «Ленинградского центра», «Троцкистко-зиновьевского террористического центра».
Испытанные бойцы революции, прошедшие через сито царской охранки и каторгу, после нескольких месяцев пребывания во внутренней тюрьме на Лубянке «сознались» в преступлениях, которых не совершали. В ходе судебного процесса лидеры Зиновьев и Каменев в очередной раз раскаялись, признали себя виновными и были приговорены к 10 и 5 годам тюремного заключения. Такие приговоры, несмотря на тяжкие обвинения в террористической деятельности, многим могли показаться слишком мягкими. Но все самое страшное как для левой оппозиции в лице ее лидеров Зиновьева и Рютина, так и правой — Бухарина — было еще впереди.
После очередного, июльского 1936 года, пленума Политбюро ЦК ВКП (б) направило в партийные организации секретный циркуляр. В нем говорилось: