Итак, нужно было прийти к заключению союза с Феррарой, и папа римский понял, что ключ к проблеме находится в Блуа. Делая вид, что ему неизвестно о планах касательно Луизы Савойской, он прямо обратился к Людовику XII, попросив его приложить усилия, чтобы склонить Эркуле в пользу Лукреции. Первая реакция короля была негативной. Она отразилась в письме от 26 мая, направленном герцогу д'Эсте, где король советовал ему отделаться от Александра VI, предложив папе младшего сына с синьорией Пьомбино в придачу. Однако, к счастью для Лукреции, позиция французского государя резко изменилась. Людовик с Фердинандом Католическим решили завладеть Неаполитанским королевством, но для успеха предприятия ему требовалось разрешение папы пройти по территории его государства. Французскому королю пришлось обратиться с этой просьбой к святому отцу, а тот в ответ потребовал от него одобрить брак Лукреции и Альфонсо. И Франция уступила. Бартоломео Кавальери, посол Феррары из Лиона, где в то время находился французский двор, в депеше от 22 июня сообщает своему господину, что Людовик XII теперь отказывает герцогу в руке Луизы Савойской и требует принять предложение Александра VI, советуя тем не менее потребовать приданое в 200 тысяч дукатов, снижение для Феррары ежегодного ценза и значительных церковных бенефициев для членов семьи д'Эсте.
Эркуле не оставалось ничего иного, как подчиниться. Отказать — означало оттолкнуть от себя Ватикан, Чезаре и Францию. Приняв это предложение, он получал возможность ускорить установление мира в северной Италии. Кроме того, внешние приличия были соблюдены: он мог создать видимость, что решается на этот союз исключительно чтобы сделать приятное французам. Итак, он спешно отправляет в Рим своего советника Этторе Беллингджери с поручением изложить папе условия, уточненные королем Франции, касающиеся суммы приданого, снижения ежегодного ценза, передачи городов Ченто и Пьеве, не говоря уже о различных обычных милостях для семьи д'Эсте. Римский папа понял, что теперь речь идет уже только о финансовой стороне сделки. Он обрадовался. Обещания, сдержит он их или нет, не дорого ему обойдутся.
25 июня 1501 года прибыла французская армия — это был ее последний переход перед вторжением в Неаполитанское королевство; она разбила лагерь на севере Рима. Трубы, рожки, барабаны издавали оглушительные звуки, как и шествие «парадным строем» тринадцати тысяч солдат и двух тысяч всадников, сопровождаемых длинной вереницей мулов, запряженных в повозки, и тридцатью шестью пушками, «французской гордостью», которые катились со страшным грохотом. Лукреции казалось, что по вине этих захватчиков Алонсо Бишелье умирает во второй раз. Из замка Святого Ангела ее отец благословлял войска, спешившие обрушиться на земли Федерико II. Не пройдет и месяца, как резня в Капуе откроет армии Людовика XII дорогу в Неаполь, это будет стоить жизни сорока тысячам человек. В один июльский день французы зарезали, изнасиловали, расстреляли из аркебуз женщин, мужчин, детей, стариков. «Вдоль стен широкими ручьями текла кровь, жители лишились всего, чем владели, мужчин и женщин продавали, как рабов», — писал Жан д'Отон в «Хронике царствования Людовика XII».
В Петров день Александр VI издал буллу, заготовленную неделей раньше, официально объявившую о свержении короля Неаполя, обвиняемого в том, как заявлял папа, что он обращался за помощью к туркам. Какая насмешка! Когда Лукреции было семнадцать лет, ее отец попросил султана помочь защитить Неаполь от Карла VIII и выдал свою дочь за герцога Бишелье. Теперь Федерико, дядя покойного мужа Лукреции, укрылся в Искии и отрекся от престола в пользу Людовика XII.
В отсутствие Чезаре, занятого завоеванием Неаполя, Александр VI возглавил армию, чтобы подчинить баронов Лацио. Его политика консолидации церковных земель была направлена на то, чтобы маленькие города, цитадели и укрепленные поселения, окружавшие Рим, попали в зависимость от папского престола и сделали самого папу хозяином имений Колонна, Савелли, Эстутвилей и других.
Прежде чем начать эту экспедицию и покинуть Рим, папа решил доверить управление Церковью Лукреции. Ей придавался высокий политический статус, и это должно было доказать Эркуле д'Эсте, что она способна принести огромную пользу, управляя городом, и, следовательно, достойна стать герцогиней Феррарской.
Распорядитель церемоний Бурхард ограничивается тем, что просто упоминает об этом временном правлении, никак его не оценивая, 27 июля он пишет: