В подобной ситуации для иберийского католицизма оказался характерен весьма воинственный оттенок и, что особенно важно, сформировалась традиция тесного сотрудничества между католической церковью и мирскими властями христианских государств (что отнюдь не исключало соперничества между ними). Реальностью стал и дух нетерпимости, нашедший свое институциональное выражение в деятельности инквизиции Именно здесь следует искать главные исторические истоки той консервативной линии в иберийском католицизме, о которой говорилось выше. Оказавшаяся весьма характерной для Римской курии в Средние века тенденция к опасному сближению (но при безусловном их различении) «Божьего» и «кесарева» с особой силой проявила себя именно на Пиренейском полуострове, а впоследствии — во владениях иберийских монархий в Новом свете.
Однако все сказанное не означало ни поглощения католической церкви государством, ни ее полного слияния с системой государственной власти. Определенная автономия церковных институтов и монашеских орденов по отношению к мирским органам управления Индиями, тем более к власть имущим на местах — энкомендеро, а позднее владельцам эстансий (в Бразилии — рабовладельческих плантаций), к латифундистам, — очевидная реальность Ибероамерики XVI–XVIII вв.
Сохранение относительной самостоятельности религиозной сферы, постоянно живущее в душах искренне и страстно верующих католиков ощущение личной ответственности за зло и грехи «мира сего», установка на активную позицию в борьбе против зла, за спасение души — все это вместе взятое обусловливало несводимость феномена иберийского католицизма к официальной ортодоксии, создавало возможность появления в его рамках неортодоксальных течений, вплоть до религиозных движений, прямо направленных против власть предержащих, против тех или иных конкретных форм гнета. Здесь можно проследить прямую линию исторической традиции, ведущую от Лас Касаса и его сторонников к М. Идальго и X. М. Морелосу, к той части католического клира, которая выступила на стороне патриотов в эпоху Войны за независимость, а от них — к современным «народной церкви» и «теологии освобождения».
Возможности, которые открывала относительная автономия культурно–религиозной сферы, не сводились к накоплению элементов гетеродоксии и возникновению оппозиционных течений. Она давала определенный простор творческому духу в рамках самих религиозных институтов. Этот дух проявлялся, несмотря на свойственное руководству этих институтов стремление замкнуть религиозную жизнь в жесткие рамки ортодоксии. Пожалуй, самым ярким примером подобного творческого горения может служить Хуана Инес де ла Крус, которую О. Пас с полным на то основанием рассматривает как своего рода символ всего того живого, что имелось в католическом мире Испанской Америки и что служило главным историческим оправданием его существования.
Определенная автономия «сферы духа» по отношению к «сфере власти» — это было нечто совершенно новое для доколумбовой Америки и глубоко чуждое глубинным основаниям ее цивилизационного строя. Следует признать, что именно представители Иберийской Европы принесли в Новый свет представления об ответственности правителей и необходимости легитимации власти. Укоренение этих представлений в социокультурном коде испанской и португальской исторических общностей явилось наиболее глубокой основой развития весьма специфической по формам своего проявления демократической традиции в христианских государствах Пиренейского полуострова. Главными ее составляющими стали: городские и общинные вольности, муниципальное самоуправление, сохранение в течение длительного периода реконкисты личной свободы крестьянства. Символом свободолюбия испанского духа могут служить: та присяга в верности древним законам, которую испанский король должен был давать кортесам (до 1521 г.), а также то заявление, которое сделали депутаты этого органа Карлу I (будущему императору Карлу V): «Государь, вы должны знать, что король является только платным слугой нации».
Хотя после поражения восстания «комунерос» в 1521 г. основная часть средневековых вольностей была ликвидирована, такой элемент их наследия, как кабильдо (аюнтамьенто), т. е. орган городского самоуправления, сохранился и был впоследствии перенесен на почву Нового света. Кабильдо в колониях были очень быстро поставлены под контроль королевской администрации, но они, тем не менее, сыграли роль формы существования демократической испанской традиции, так сказать, в свернутом виде. Традиция муниципального самоуправления оказалась необычайно живучей, и вирус мятежного испанского духа немедленно пробудился к новой жизни, как только возникли первые симптомы кризиса колониального строя. Отнюдь не случайно, что именно кабильдо стали первой институциональной основой движения за независимость в Испанской Америке.