При этом стендовую машину 6С, предусмотренную для проведения подобных испытаний, он предложил переделать в летную. Это было очень рискованное решение — на стендовое изделие могли быть разрешены конструкторами отступления недопустимые для летного. Руководитель КБ Куйбышевского филиала Б. И. Пензин категорически возразил против этого решения — ему необходимо было перевыпустить огромный объем документации. Я как ведущий конструктор его поддержал. В неофициальной беседе в присутствии своих помощников Борис Иванович выдвинул и такой мотив: «Володя, ты пойми, вот слетает „Буран“, и о ракете даже никто и не вспомнит, а я хочу, чтобы она прозвучала». С этим доводом главного конструктора можно было если уж не согласиться, то, по крайней мере, понять, да и корабль стоил очень дорого, а риск потерять его при первом пуске ракеты, не проходившей полномасштабную наземную отработку, все-таки был.
Решения были приняты, ракета успешно слетала, как говорится — победителей не судят. Но последствия этих манипуляций с комплектами конструкторской документации «аукнулись» при первой попытке запуска комплекса «Энергия-Буран» 29 октября 1988 года, когда за 51 секунду до старта прошла команда аварийного прекращения пуска (АПП), и он был отменен. К этому времени я, как начальник вновь созданного на предприятии, по решению министра и Глушко, отдела безопасности пилотируемых космических полетов, обязан был провести независимое расследование. Его результаты отражены в отчете. Было установлено, что документацией, утвержденной главным конструктором и находящейся в архиве на момент пуска, выдача команды АПП по факту неотвода от изделия площадки с приборами прицеливания не предусмотрена. В этом случае, при старте изделия с не отделившейся площадкой (по размерам чуть меньше «Жигулей»), ему грозила неминуемая катастрофическая ситуация вплоть до взрыва на старте. Появилась эта команда АПП в результате ошибки, допущенной исполнителями в «подпольном» извещении при выпуске его с нарушением установленного порядка и не санкционированным главным конструктором. Я привел этот эпизод, чтобы показать еще раз, к чему может привести несоблюдение требования о комплектности при проведении изменений.
Летные испытания марсианской ракеты-носителя Н1 и головного блока с нештатным лунным экспедиционным комплексом начались в феврале 1969 года. К этому времени на полигоне Байконур была создана целая система стартовых и технических сооружений, заправочные станции для работ с головным блоком Л3 и ракетой Н1, бункеры для проведения пусков. Был построен огромный МИК для сборки ракеты и МИК КО для сборки головного блока и его элементов. Существовавшая ранее схема проведения работ с использованием военных оказалась для изделий такого масштаба непригодной, пришлось создавать филиалы заводов, разворачивать сборочное производство.
Технологический процесс подготовки комплекса Н1-Л3 к летным испытаниям на полигоне Байконур был однозначно определен единственно правильным, как показало время, решением Королева: изготавливать составные части ракеты непосредственно на полигоне, в монтажно-испытательном корпусе. Организовать транспортировку крупногабаритных грузов по трассе, проходившей по Волге и Каспийскому морю, представлялось проблематичным.
Техническая позиция, созданная на Байконуре, обеспечивала проведение всего комплекса работ по сборке и испытаниям ракеты и ее составных частей — блоков «А», «Б», и «В», головного блока — Л3, а также полностью собранного комплекса Н1-Л3 перед отправкой на стартовую позицию. Работы с головным блоком проводились в МИК КО на площадке 2Б и на заправочной станции, а все остальные — в «большом» МИКе в соответствующих его пролетах.
Топливные баки собирались на стапелях в МИКе из подогнанных на заводе в Куйбышеве панелей. Изготовление ракетных блоков проводилось в вертикальном положении. Готовые и испытанные в МИКе блоки стыковались между собой в горизонтальном положении, и собранная таким образом ракета после необходимых испытаний перекладывалась кранами на транспортировочное устройство и перевозилась в монтажно-заправочный корпус, где производилась ее стыковка с предварительно заправленным головным блоком. Собранный комплекс Н1-Л3 перекладывался кранами на установщик, вывозился на старт и переводился в вертикальное положение на пусковой установке.
Разработку стартового комплекса Н1 вело ГС КБ Спецмаш под руководством В. П. Бармина и с участием смежных организаций. Старт был спроектирован с единым технологическим блоком и двумя пусковыми установками.
В начале 1969 года заканчивалась сборка первой летной марсианской ракеты Н1 и первого летного лунного комплекса Л3 в нештатной комплектации. Взамен ЛОКа использовался корабль 11Ф92, который был сделан из элементов лунного облетного корабля 7К-Л1, с дополнительным отсеком двигателей ориентации комплекса.