Спустя несколько лет Понтормо начинает искать свой стиль, непохожий на холодный академизм Фра Бартоломмео, Альбертинелли и Андреа дель Сарто. Итогом этих поисков стала фреска «Аллегория осени» («Вертумн и Помона»), созданная в 1520–1521 годах для украшения виллы Медичи в Поджо-а-Кайяно. В этой работе все еще сохраняются традиции Высокого Возрождения, хотя фигуры и лица персонажей лишены идеализации. Искусно выполненная декоративная композиция изображает крестьян, молодых дам, обнаженных юношей, сидящих и лежащих на фоне стены и ветвей лавра. Мягкие, пастельные оттенки придают сцене легкий характер, позы героев кажутся естественными, а их лица говорят о безмятежности и счастье. Фигуры показаны не просто на фоне пейзажа, они сливаются с ним и кажутся неотделимыми от него, что характерно для ренессансной живописи. «Аллегория осени» свидетельствует о тонкой наблюдательности мастера, его стремлении приблизиться к натуре.
И хотя во фреске виллы Медичи Понтормо все еще сильно воздействие Возрождения, в ней явственно проявляются новые тенденции. Композиция восхищает тонким лиризмом и изяществом рисунка; легкие, прозрачные тени и светлый, холодный колорит делают изображение необыкновенно изысканным. Особенно выразительна сцена, показывающая сидящих на парапете юношу и девушку. Они наклоняют гибкие деревца, ветви которых повторяют очертания оконных проемов и арочного свода.
О полном разрыве Понтормо с искусством Высокого Возрождения свидетельствует цикл росписей «Страсти Христа» (1523–1524, монастырь Чертоза Валь д’Эма, Галуццо). К сожалению, эти фрески сохранились в поврежденном виде, и тем не менее по ним можно заметить, что написаны они под влиянием гравюр А. Дюрера. Перед глазами зрителя предстает ирреальный мир, созданный фантазией художника. Пространство лишено глубины; движение сильных и красивых человеческих фигур как будто подчинено линейному ритму, напоминающему вздымающиеся волны.
Эти тенденции нашли продолжение и в алтарной композиции «Христос в Эммаусе» (1525, Уффици, Флоренция), созданной по заказу монастыря Чертоза Валь д’Эма. Причудливость живописного языка не противоречит натурности в изображении некоторых персонажей, например монахов, показанных на заднем плане, и апостолов, представленных простолюдинами и обыкновенными набожными людьми. Об острой наблюдательности мастера и его интересе к натуре говорят и детали натюрморта, представленные на картине. В то же время идущий из символического ока таинственный свет придает изображению мистический характер, перенося реальные образы в фантастический мир.
Я. Понтормо. «Встреча Марии и Елизаветы», 1530–1532 годы, церковь Пьеве ди Сан-Микеле, Карминьяно
Мрачные настроения, пронизывающие «Страсти Христа», присутствуют и в картине «Положение во гроб» (около 1526–1528, церковь Санта-Феличита, Флоренция), созданной как часть декоративной композиции капеллы Каппони. Но ее драматизм становится более отвлеченным, что свидетельствует об усилении в творчестве Понтормо маньеристических тенденций. Если персонажи прежних произведений выглядели сильными и полными жизни, то в дальнейшем они приобрели иной вид. Их бледная, болезненная красота, хрупкие, почти невесомые фигуры, как будто парящие в воздухе, вызывают ощущение нереальности происходящего, что подчеркивается волнообразными ритмами, изяществом линий, холодным колоритом, выдержанным в светлых тонах. Таковы и композиции «Мадонна со святым Иосифом и Иоанном Крестителем» (1520-е, Эрмитаж, Санкт-Петербург), «Встреча Марии и Елизаветы» (1530–1532, церковь Пьеве ди Сан-Микеле, Карминьяно). В отличие от мастеров Возрождения Понтормо при создании своих произведений стремился усилить мистическое начало, привлечь внимание зрителей к религиозному содержанию картины.
В 1530-е годы Понтормо выполнил несколько работ по картонам Микеланджело (не сохранились), что не могло не сказаться и на его собственных произведениях. В стиле Микеланджело написана, в частности, композиция «Десять тысяч мучеников» (начало 1530-х, Галерея Питти, Флоренция).
В последние двадцать лет своей жизни мастер переживал тяжелый душевный кризис, о чем свидетельствуют его дневники. Возможно, причиной тому были разногласия между ним и более молодыми живописцами флорентийской школы, провозглашавшими в своем творчестве академический вариант маньеризма. Джорджо Вазари, рассказывая о необычайно замкнутом характере Понтормо, писал, что художник, работавший в комнате на верхнем этаже, поднимался туда по стремянке, которую втягивал за собой наверх, ограждая от окружающих свой мир.
Большинство работ, выполненных Понтормо в это время, безвозвратно утрачены. В их числе росписи, украшавшие виллы Медичи в Кастелло (около 1535–1536) и Карреджи (1537–1543), а также фрески хора церкви Сан-Лоренцо во Флоренции (1546–1556).