По сравнению с Ме 163А кардинальной переделке подвергся фюзеляж. По сути, его спроектировали заново — вместо деревянного Липпиш создал алюминиевый фюзеляж с существенно большим внутренним объемом, призванным вместить более мощный двигатель, значительно увеличенный запас топлива, вооружение, а также другое оборудование, необходимое для боевого самолета (например, радиостанцию). По сути, очертания фюзеляжа определялись габаритами топливных баков. Из-за этого, например, кабина пилота оказалась пере-размеренной, очень просторной по сравнению с другими истребителями люфтваффе. Примененный на Ме 163В беспереплетный штампованный фонарь обеспечивал отличный обзор.
Крыло, как и на Ме 163А, осталось деревянным. Правда, его набор усилили, а вместо переменной стреловидности применили постоянную — в соответствии с рекомендациями доктора Гетхерта. Но нормального шасси самолет так и не получил — взлет осуществлялся со сбрасываемой тележки, а посадка — на выдвигаемую лыжу, снабженную гидроамортизаторами. Сначала её делали из дерева, затем из дюраля, а в конечном итоге осознали, что лучше стали для этой цели ничего нет.
Существенной проблемой оказался подбор вооружения, подходящего для скоростного истребителя. Впоследствии, уже в 60-е гг. Липпиш вспоминал: «Исследования, проведенные отделом вооружения фирмы BFW, показывали совершенно неутешительные результаты математического моделирования вероятности поражения воздушной цели, двигающейся с крейсерской скоростью 400 км/ч в ходе атаки перехватчика, развивающего около 900 км/ч. О попадании в цель в полноценном маневренном бою вообще речи не шло, так как фактически в нашем распоряжении тогда не имелось подходящих образцов авиационного артиллерийского оружия. Ни MG 17 [7,92-мм пулемет —
Первый Me 163B(V1) был построен на заводе в Аугсбурге, остальные самолеты предсерийной партии изготовлялись в Регенсбурге. Начиная с экземпляра Me 163B(V23) машины перевозились на завод «Клемм», где проводилась их окончательная сборка, монтаж оборудования и установка двигателей. Наличие в обозначениях Ме 163В литеры «V» ясно давало понять, что самолеты, фактически, являются опытными. На первых двух машинах, например, отсутствовали не только двигатель, но даже топливные баки и их арматура, посадочная лыжа была деревянной (как на Ме 163А), не было посадочных щитков.