Увы, далеко не все полеты «Комет» заканчивались так благополучно. Проблемы, сопровождавшие внедрение практически любого нового боевого самолета в случае с Ме 163 возрастали многократно из-за его необычной силовой установки и аэродинамической схемы. Группе опытнейших пилотов-испытателей потребовался не один месяц, чтобы доказать, что, при соблюдении правил безопасности, скоростной ракетоплан вполне пригоден для эксплуатации. Но, несмотря на тщательнейшую подготовку, даже первый набор строевых летчиков, приступивших к освоению Ме 163, понес серьезные потери.
Первой жертвой стал обер-фельдфебель Алоиз Вернд (Alois Woerndt), погибший 30 ноября 1943 г. Набрав на самолете Ме 163А(V6) высоту 6000 м — выше он подняться не мог из-за неполной заправки самолета — Вернд начал снижаться для захода на посадку. Техника работала нормально, но уже на посадочной глиссаде пилот допустил скольжение на крыло, и самолет начал выходить из створа полосы. Попытка набрать высоту с остановленным двигателем лишь усугубила ситуацию — самолет потерял скорость и рухнул на землю, проделав несколько кувырков. В мгновение ока «Комет» превратился в груду обломков, охваченных белым пламенем. Хотя в баках не могло оставаться много топлива, над аэродромом вырос зловещий грибовидный султан дыма.
Из гибели Вернда были сделаны соответствующие выводы — именно после этого все Ме 163 получили систему аварийного слива компонентов топлива. По странному стечению обстоятельств шанс испытать эту систему в реальной аварийной ситуации представился спустя ровно месяц после гибели Вернда — 30 декабря 1943 г. Волею судеб в роли испытателя невольно оказался технический офицер EKdo 16 Й. Пёс. Взлетев на Ме 163А(V8), он сбросил стартовую тележку, но высота была слишком малой, и колеса, срикошетировав от земли, ударили по фюзеляжу. Двигатель почти сразу же умолк — видимо, была повреждена система подачи топлива. Опытный пилот понял, что произошло и, набрав по инерции высоту около 100 метров, выровнял самолет и начал выбирать место для посадки. Все его внимание было приковано к земле, и Пёс не заметил одну радиомачт, возвышавшихся на окраине аэродрома. Сторонним наблюдателям это показалось легким касанием крылом ажурной конструкции мачты, но в действительности это был жуткий удар, вследствие которого самолет, потеряв управление, камнем упал на землю. Взрыва не последовало — значит, пилот успел слить компоненты топлива. Высота падения была относительно небольшой, и можно было надеяться, что пилот выживет благодаря модернизированному креслу с амортизацией и привязной системе. Увы, ремни оказались недостаточно плотно затянуты и не смогли удержать тело летчика при ударе о препятствие. Пёс погиб, ударившись головой об прицел.
Спустя несколько дней после этого трагического происшествия, в начале января 1944 г. едва не погиб майор Шпёте. Ситуация, в которой он оказался, во многом напоминала обстоятельства гибели Вернда — самолет попал в скольжение на посадочной глиссаде. Но более опытный майор, обладавший, к тому же, солидным налетом на планерах, смог успешно приземлиться, хотя и за пределами ВПП, на вспаханном поле. Серия прыжков по пашне завершилась почти смертельным номером — «Комет», встав на нос, несколько раз качнулся, грозя опрокидыванием на спину и неминуемой гибелью пилота. Но затем самолет медленно опустился в привычное положение. Сразу же откинулся фонарь кабины и, как вспоминал Мано Циглер, «наш командир выпрыгнул из кабины с такой скоростью, как будто сам черт оказался рядом с ним на сидении, и сломя голову побежал прочь от самолета, вокруг которого уже начало образовываться зловещее облако дыма.»
Долгая «раскачка»