Волевой характер, острый ум и удивительное качество запоминать текст целыми страницами помогли ему получить аттестат зрелости и поступить на медицинский факультет Московского университета
Учеба в штурманском училище была нелегким испытанием для каждого из его воспитанников: на суровые армейские наказания здесь не скупились. Но муштра только закалила характер Снегирева, и он стал одним из первых учеников. Но снова опекунский совет ничтоже сумняшеся распорядился его судьбой: в 1864 году, не дожидаясь завершения обучения, было принято решение о направлении Снегирева в качестве матроса в «морскую кампанию» на фрегат «Смелый». Во время очередной побывки в Москве, куда Владимир приехал проведать своих родных, он встретил и гимназических одноклассников, которые к тому времени уже стали студентами Московского университета.
По окончании университета летом 1870 года Снегирев получил диплом «лекаря с отличием» и должность сверхштатного ординатора Яузской больницы для рабочих.
Рассказы друзей возбудили в Снегиреве яростное желание тоже пойти учиться. Но не так просто было добиться увольнения с военной службы. И все же в 1865 году ему это удается, и Владимир садится за учебники: он решает стать врачом. К тому времени у него сформировались волевой характер, острый ум и удивительное качество запоминать текст целыми страницами. Все это помогает ему получить аттестат зрелости и поступить на медицинский факультет Московского университета.
В Московском университете
На первом курсе Снегирев увлекся анатомией и химией, а со второго курса предметом его интереса стала гистология. Профессор гистологии А. И. Бабухин, ставший на многие годы старшим товарищем и другом Снегирева, был педагогом от Бога, основавшим на базе университетской кафедры отечественную школу гистологии. Он с первых занятий подключал студентов к научным исследованиям, воспитывал в них врачебное мышление и наблюдательность. Знакомство с ним развило в Снегиреве умение рассуждать клинически и не бояться искать ответы на, казалось бы, нерешаемые вопросы.
На тот момент гинекология не считалась отдельной медицинской специальностью. Женские болезни читались курсом по пять-семь лекций
Уже на третьем курсе Владимир приступает к изучению клинических дисциплин. Колоссальное впечатление на Снегирева произвели занятия с выдающимся терапевтом – профессором Г. А. Захарьиным, одним из основоположников русской терапевтической школы. Метод опроса больного, созданный Захарьиным, Снегирев впоследствии разовьет и адаптирует для гинекологической практики.
На пятом курсе Снегирев уже знает, что посвятит себя лечению женских болезней. Одна из первых показательных гинекологических операций, на которых удается присутствовать студенту, надолго осталась в его памяти.
Профессор оперативной хирургии Новицкий собирался удалить яичник с огромной кистой, спаянной с брюшиной. Операция длилась необыкновенно долго, потому что никак не удавалось отделить пораженный орган от окружающих тканей. Растерянность и усталость врачей передались и наблюдающим операцию студентам. Тогда впервые Снегирев почувствовал, насколько тяжелыми и неприятными могут быть ощущение бессилия хирурга и его неуверенность в исходе операции.
По окончании университета летом 1870 года Снегирев получил диплом «лекаря с отличием» и должность сверхштатного ординатора Яузской больницы для рабочих, по совместительству приняв на себя обязанности больничного прозектора. В конце 1870 года у Владимира Федоровича началась и акушерская практика в качестве сверхштатного врача родовспомогательного отделения при Московском воспитательном доме.
В 1884 году опубликовано первое отечественное руководство по гинекологии – фундаментальный труд В. Ф. Снегирева «Маточные кровотечения».
Для докторской диссертации Снегирев выбрал сложную и малоизученную тему позадиматочных кровоизлияний. В своей работе Владимир Федорович смело подверг критике имеющиеся на тот момент медицинские источники, разработал оригинальные методики диагностики и оперативного лечения при кровотечении, в том числе при внематочной беременности. 19 декабря 1873 года состоялась блестящая защита этой научной работы, и Снегирев получил степень доктора медицины и возможность годичной стажировки в Германии, Англии и Франции за счет университета. После возвращения Снегирева на Родину медицинский факультет предложил ему недавно учрежденную должность доцента по женским болезням.