31 мая 1876 года Филатов блестяще защитил докторскую диссертацию на тему «К вопросу об отношении бронхита к острой катаральной пневмонии» и в следующем году был назначен на должность приват-доцента на кафедре акушерства, детских и женских болезней. В качестве преподавателя он приступил к чтению студентам курса детских болезней. Этот курс читался всего-то один час в неделю и предполагал свободное посещение, но с приходом Филатова стал очень популярным среди слушателей. Филатов демонстрировал и разбирал конкретные клинические случаи, излагал материал, с одной стороны, доступно, а с другой – в самом современном и полном объеме. К тому времени вышли в свет две его крупные работы: «Диспепсия и грипп у детей» и «О некоторых предрассудках при воспитании детей». Выпущенная в 1881 году монография Филатова «Клинические лекции о распознавании и лечении катаров кишок у детей» еще при жизни автора 4 раза переиздавалась и была переведена на несколько языков. В своих работах Филатов, кроме всего прочего, обратил внимание на важность рационального питания детей, в частности грудного вскармливания как основы здоровья ребенка.
Результаты эпидемиологического исследования дифтерии были обнародованы в том же году на международном конгрессе бактериологов в Будапеште
В 1885 году были изданы его «Лекции об острых инфекционных болезнях у детей», в них тщательному анализу подвергнуты наиболее распространенные детские инфекции, такие как корь, дифтерия и скарлатина. В 1889 году увидел свет «Краткий учебник детских болезней», переиздаваемый вплоть до 1920-х годов.
31 мая 1876 года Филатов блестяще защитил докторскую диссертацию на тему «К вопросу об отношении бронхита к острой катаральной пневмонии» и в следующем году был назначен на должность приват-доцента на кафедре акушерства, детских и женских болезней.
Несколько изданий с 1890 по 1898 год претерпел и один из самых заметных трудов Филатова – «Семиотика и диагностика детских болезней с приложением терапевтического указателя». В нем, в том числе впервые были описаны такие малоизученные на тот момент болезни, как скарлатинозная краснуха (четвертая болезнь), железистая лихорадка (инфекционный мононуклеоз), маскированная малярия грудных детей, затяжные и безлихорадочные формы гриппа, формы ветряной оспы. В 1900 и 1902 годах великий врач выпустил два тома «Клинических лекций», в которых Филатов продемонстрировал прекрасное владение русским языком: чтение их поистине увлекательно, симптоматика и клиника описаны с такой потрясающей реалистичностью, что читатель будто смотрит на больного ребенка глазами врача. Эти книги стали первыми отечественными руководствами по детским болезням и неоднократно издавались в других странах.
Профессор с курицей под мышкой
В 1891 ГОДУ, НЕ ДОЖИВ ТРЕХ МЕСЯЦЕВ ДО ОТКРЫТИЯ новой клиники детских болезней на Девичьем поле, умирает профессор Тольский. Руководство кафедрой и клиникой принимает на себя его ближайший ученик – Филатов.
Надо отметить, что из пятерых детей Нила Федоровича двое умерли в раннем возрасте от дифтерии. В 1894 году он вместе с Г. Н. Габричевским впервые в России применил для лечения дифтерии разработанную ими сыворотку. Результаты эпидемиологического исследования дифтерии были обнародованы в том же году на международном конгрессе бактериологов в Будапеште.
Филатову принадлежит описание специфических изменений слизистой оболочки рта как первого признака кори («пятна Вельского – Филатова – Коплика»). Им изучен патогенез безальбу-минурийных водянок у детей.
Большую роль Филатов отводил правильному сбору анамнеза и порядку осмотра больного ребенка. «Приступая к осмотру… ребенка, врач должен прежде всего подумать о том, чтобы сразу не напугать своего пациента… Всегда лучше, войдя в комнату больного, до поры до времени не обращать на него никакого внимания и, занявшись пока анамнезом, дать ему возможность присмотреться к новому человеку…» – писал Филатов. За уважительное и доброе отношение к маленьким пациентам Нила Федоровича прозвали Друг детей. Он с равным усердием лечил и потомков аристократических семей, и детей бедняков. Среди его пациентов были и дети Л. Н. Толстого. Бывало, что врачи сомневались, хватит ли у родителей наблюдаемых ими детей денег на консультацию Филатова, и пытались получить ее устно и заочно. В сложных случаях профессор все равно выезжал к пациентам и не требовал за это гонорара.