В 1853 году началась Крымская война. К тому времени принципиальность Пирогова в профессиональных вопросах, успех его научных изысканий породили зависть и недоброжелательство среди коллег по академии. Устав от бесконечных интриг и чувствуя необходимость своего присутствия в районе боевых действий, Пирогов подает прошение о командировании его в Крым и наконец после долгих согласований в ноябре 1854 года прибывает в Севастополь. У Николая Ивановича имеется поручение великой княгини Елены Павловны создать первую общину сестер милосердия – Крестовоздвиженскую. Вопреки козням и скабрезным шуткам со стороны госпитального начальства, первые сестры милосердия берут на себя большую часть ухода за ранеными и больными, нередко демонстрируя случаи истинного героизма и высокого служения.
В заведомо неудачной войне русская армия несет колоссальные потери, число раненых не позволяет своевременно оказывать необходимую помощь каждому из них. Тогда Пирогов решает проводить сортировку раненых по степени тяжести уже на первом перевязочном пункте. В результате срочная помощь оказывается в первую очередь пациентам с наиболее тяжелыми ранениями.
Николай Иванович впервые при сложных переломах вместо привычного лубка применяет изобретенную им фиксирующую крахмальную повязку
Кроме того, в крымскую кампанию Николай Иванович широко использует разработанный им незадолго до этого метод фиксации поврежденной конечности с применением гипсовой повязки, тем самым уберегая от ампутации сотни, а то и тысячи солдат и офицеров. Сам хирург работает практически круглосуточно на пунктах сортировки – «складочных местах», в госпиталях и, конечно, в операционной: под эфирным наркозом в крымскую кампанию проводятся уже тысячи операций.
В июле 1847 года Пирогов по собственной инициативе отправляется на театр военных действий под аул Салты и там первым из военных хирургов проводит около 100 операций под эфирным наркозом в полевых условиях, тем самым кардинально снижая смертность, в том числе от болевого шока.
Несмотря на героическое сопротивление, Севастополь пал, 30 марта 1856 года был подписан позорный для России мир с Турцией. Пирогов покидает Крым в конце 1855 года. Незадолго до своего отъезда профессор принимает в Симферополе направленного на лечение простого учителя гимназии, которому, по прогнозам лечащего врача, осталось жить всего пару месяцев. Осмотрев больного, Николай Иванович обнаруживает, что диагноз был установлен неверно, и назначает необходимое тому лечение, которое вскоре поставит на ноги пациента – будущего великого ученого Д. И. Менделеева.
В опале
Пирогов возвращается в Петербург. Власть не желает слышать от хирурга о проблемах русской армии, интриги коллег набирают новую силу, и Николай Иванович принимает решение покинуть Медико-хирургическую академию и посвятить себя просветительской деятельности. Император назначает Николая Ивановича попечителем Одесского, а затем Киевского учебных округов. У Пирогова имеется свой взгляд на реформирование системы образования, он надеется реализовать свои идеи в министерстве, но излишне инициативного профессора в мае 1862 года направляют подальше от столицы – в течение четырех лет курировать выпускников, готовящихся к профессуре за границей, таких же, каким был он сам 30 лет назад. В качестве места своей деятельности Пирогов выбирает Гейдельберг, в котором расположен один из старейших университетов Европы.
Знаменитый, в том числе благодаря своей гражданской позиции, профессор Пирогов легко завоевывает любовь и доверие молодых «профессорских кандидатов», один из которых вскоре просит осмотреть в итальянской Специи раненого Джузеппе Гарибальди. Отказавшись от собранных студентами денег на поездку, Пирогов отправляется к знаменитому итальянцу и, осмотрев его, удаляет никем ранее не замеченную пулю, вызвавшую осложнение ранения.
В 1864 году в Гейдельберге Пирогов начинает писать свой классический труд «Начала общей военно-полевой хирургии», ставший настольной книгой всех военных хирургов, в том числе и наших современников.
Простые люди именуют Пирогова «чудесным доктором». Он бесплатно консультирует пациентов любых сословий, посещает больницы и лечебницы, инспектирует военные госпитали