Венгерские власти во многом поддержали идеи Земмельвейса. В акушерские клиники была направлена специальная директива о необходимости профилактики родильной горячки по предложенному доктором способу. В 1855 году ученый становится профессором Пештского университета и его метод успешно применяется в университетской акушерской клинике. В 1861 году публикуется его книга «Этиология, сущность и профилактика родильной горячки». Однако большинство именитых медиков восприняло этот труд если не нарочито равнодушно, то с небывало резкой критикой. На предложения Земмельвейса оплатить за свой счет и провести семинары по профилактике родильной горячки коллеги отвечают ему по большей части ледяным молчанием. Находящийся на грани срыва Земмельвейс публикует пять открытых писем, где прямо ставит в вину медицинским светилам гибель тысяч женщин: «Кто виноват в том, что через пятнадцать лет после появления теории предупреждения родильной лихорадки рожающие женщины продолжают умирать? Не кто иной, как профессора акушерства». Он угрожает объявить во всеуслышание, что главная угроза исходит от немытых рук акушеров. Приняв вызов, видные медики выступают единым фронтом, несмотря на то что правота Земмельвейса подтверждена и другими врачами. Один из ярых противников ученого, немецкий врач Густав Михаэлис, кончает жизнь самоубийством, когда, решив доказать опытным путем несостоятельность теории Земмельвейса, получает результат, прямо противоположный ожидаемому. Менее совестливые коллеги иной раз даже шли на подтасовку статистических данных только ради того, чтобы осадить выскочку из Пешта. Акушеры Праги, в руках которых погибало до половины всех рожениц, превзошли в злословии все разумные пределы. Среди самых ожесточенных гонителей Земмельвейса, к сожалению, были и великие ученые – например, Рудольф Вирхов, который на Общегерманской конференции врачей и ученых-натуралистов нанес Земмельвейсу сокрушительный удар.
Научное сообщество упорно не хотело признать правоту молодого врача, не обремененного степенями и званиями
Мир для Игнаца рухнул: в нем правили слепцы. Эти самодовольные, до бровей укутанные в мантии традиционных концепций книгочеи заставляли людей, призванных дарить жизнь, быть палачами. Их недальновидность и чванство обрекали на смерть ежедневно десятки женщин. Ученый был готов к тому, что его имя будет поругано и забыто. Пусть! Ему не нужны ни слава, ни почести, лишь бы другие акушеры видели, откуда приходит смерть, и не давали ей шанса…
В 1855 году ученый становится профессором Пештского университета и его метод успешно применяется в университетской акушерской клинике.
За спиной Земмельвейса уже в голос говорят о том, что он не в себе. Угрюмый, вспыльчивый, готовый видеть врага в каждом, он еще немного и наверняка кого-нибудь убьет или покалечит. По заключению профессора Балосса его решают незамедлительно поместить в сумасшедший дом. 30 июля 1865 года Земмельвейсу предлагают по служебной надобности посетить психиатрическую лечебницу в Лазаретгассе, недалеко от Вены. Несмотря на плохое самочувствие (врач отметил у себя настораживающие симптомы вскоре после того, как порезался на операции), Земмельвейс соглашается.
Один из ярых противников ученого, немецкий врач, кончает жизнь самоубийством, когда, решив доказать опытным путем несостоятельность теории Земмельвейса, получает обратный результат
Когда за ним захлопнулась тяжелая дверь палаты, он осознал, что попал в ловушку, из которой ему никогда не выбраться. Его убеждали, что скоро он будет свободен, назначали обливания холодной водой и горы слабительных препаратов, как это было принято в психиатрии того времени. Истощенный, измученный таким «лечением» и нарастающей лихорадкой, Земмельвейс пытался бежать и был жестоко избит санитарами. 13 августа 1865 года его бездыханное тело было обнаружено дежурным персоналом в углу темной палаты для буйных. Ни коллеги, ни родственники не пришли проводить профессора в последний путь.
Метод Земмельвейса не канул в Лету после его смерти. Нашлось немало акушеров, которые поверили в эффективность профилактики родовой горячки, тайно от начальства внедрили идеи ученого на практике и пришли к поразительным результатам. Английский врач Джозеф Листер через 18 лет после открытия Земмельвейса предложит свой метод антисептической обработки карболовой кислотой, и ему наконец удастся убедить научные круги в важности обеззараживания рук и инструментария врачей. В дальнейшем правила асептики и антисептики станут для медиков одной из основ профессии.