Кромвель, как и его противники-роялисты, страстно любил охоту с ловчими птицами и гончими собаками, увлеченно играл в шары. Он очень любил музыку. Его товарищ Балстроуд Уайтлок вспоминал, что «иногда он весело проводил время с нами и, забывая о своем высоком положении, вел себя совсем по-дружески, для развлечения мы обычно сочиняли стихи, и каждый должен был проявить фантазию. Как правило, он заказывал табак, трубки и свечу, время от времени сам брал табак, а потом снова погружался в свои серьезные большие дела».
В конце 1644 года его большое дело состояло в том, чтобы продолжать войну, пока король не капитулирует, однако эту цель не поддерживали другие командиры парламентской армии. В частности, граф Эссекс и граф Манчестер хотели каким-либо образом достичь компромисса с Карлом; поэтому некоторые и подозревали, что они не усердствуют в наступлениях. Манчестер часто повторял, что начать войну легко, но никто не может сказать, где она завершится. Он командовал Восточной ассоциацией, в состав которой входил генерал-лейтенант Кромвель, и стремление графа к урегулированию конфликта привело к полной потере доверия между ними. Манчестер особенно нетерпимо относился к сектантам, называл их «фанатиками» и причислял к ним самого Кромвеля.
На одном из заседаний военного совета произошел следующий диалог.
Манчестер. Пусть мы хоть девяносто и девять раз победим короля, он все равно король, и его потомки тоже будут королями; но, если король однажды победит нас, мы пойдем на виселицу, а наши дети станут рабами.
Кромвель. Милорд, если все обстоит таким образом, зачем мы вообще взялись за оружие? Значит, нам совсем не следует сражаться. Если так, давайте заключим мир на любых условиях.
Кромвель уже писал своему родственнику, что «некоторые люди в наших рядах чрезвычайно медлительны».
Конфликт между двумя военачальниками достиг апогея после безрезультатного сражения с королем при Ньюбери, где показалось, что Манчестер сознательно отвел свои войска. Считается, что он сказал одному из своих офицеров, который настаивал на немедленных действиях: «Вы кровожадный человек. Господь посылает нам мир, потому Бог никогда не помогает нам превращать наши победы в сокрушительные». Кромвель и прочие сочли, что Манчестер изменил общему делу.
Ближе к концу ноября Кромвель явился в палату общин, чтобы обвинить Манчестера: «затягивание всех действий» графом и его «уклонение от боев» исходят из нежелания вести войну «до полной победы». Соответственно, его верность делу находится под подозрением. Через три дня Манчестер нанес Кромвелю ответный удар в палате лордов и обвинил своего противника в нарушении субординации и клевете. Кромвеля осуждали за слова, что он предвкушает тот день, когда в Англии не останется аристократов. «Партия мира» с парламентской стороны рассматривала возможность обвинить Кромвеля в измене, но парламентариев убедили в неразумности такого шага. На улицах города обнаружили листовку с нападками на Эссекса и Манчестера со словами: «Увы, бедный парламент, тебя предали!»
9 декабря Кромвель добился преимущества. Он заявил в палате общин: «Наступило время либо говорить, либо навсегда умолкнуть. Теперь речь идет о спасении обескровленной, почти умирающей страны, о выводе народа из того положения, в которое его уже поставила продолжительная война. Не предприняв стремительных, эффективных и решительных действий… мы заставим королевство потерять терпение и возненавидеть парламент». Он понял, что только полная победа над королем принесет результат.
Восточная ассоциация уже проинформировала «Комитет обоих королевств», что местных взносов недостаточно для содержания войск, и Комитет в связи с этим решил «рассмотреть модель постоянной милиционной армии». Это была благоприятная возможность для Кромвеля. Пришло время реорганизовать различные подразделения на разной основе, а Кромвель считал самой разумной модель собственного полка «благочестивых» солдат. Он говорил, что лучше будет иметь дело «с простым капитаном, который знает, за что он сражается, и любит то, что знает, чем с тем, кого вы называете джентльменом и который ничего больше из себя не представляет».
Сразу после выступления Кромвеля поднялся другой член палаты общин, Зуч Тейт, и предложил полную реорганизацию армии. Во-первых, надлежало сместить таких ненадежных и слабых командующих, как Эссекс и Манчестер. Так, Тейт, вне всякого сомнения по согласованию с Кромвелем, призвал принять так называемый Билль о самоотречении, по которому члены парламента не могли занимать командные посты в армии и официальные должности в государстве. Это позволило сразу убрать из руководства высшую знать. Теоретически под закон попадал и Кромвель, однако многие справедливо полагали, что для такого успешного военачальника сделают исключение. Таким образом, можно подумать, что Кромвель затеял это предприятие, чтобы получить единоличное командование.