Наконец золото было погружено в 29 вагонов, а 12 ноября два эшелона с этими вагонами покинули Омск. В одном из этих эшелонов ехал и адмирал Колчак со своим правительством. Через два дня 14 ноября Омск был взят Красной Армией.
До 1 декабря поезда находились в Новониколаевске (Новосибирске). Здесь золотой груз был пополнен 2 ящиками с золотом из Пермского отделения Государственного банка. Из Новониколаевска поезда опять двинулись на восток. Однако 27 декабря на станции Нижнеудинск поезда застряли. Железнодорожники утверждали, что у них нет паровозов, нет угля.
Они уверяли также, что путь на восток перерезали партизаны, разобрав рельсы и завалив путь бревнами.
К этому времени Запад решил отказаться от поддержки Колчака. По рекомендации Жаненна 4 января 1920 года руководство чехословацкого корпуса, которое к этому времени объявило о своем нейтралитете в Гражданской войне, сообщило, что берут Колчака, его правительство и золотой запас России под свою защиту. Чехословаки изъявили готовность доставить «Верховного правителя» и российское золото во Владивосток. На другой день Колчак объявил о своей отставке с поста Верховного правителя в пользу Деникина. Последний тут же потребовал передать золотой запас в его распоряжение. Но это было сделать физически невозможно.
Красные партизаны отказывались пропускать чехословаков. Однако численный перевес чехословаков не позволил партизанам начать бой за поезда. На станции Тулун было достигнуто соглашение, по которому чехословаки обязывались не вмешиваться в боевые действия партизан, а те обещали пропустить на восток поезда чехословаков. 10 января 1920 года поезда двинулись на восток.
На следующий день 11 января обнаружилось, что на одном из вагонов с золотым запасом сорваны пломбы. Проверка показала, что 13 ящиков с золотом на сумму 760 тысяч рублей пропало. Исчезновение этих ящиков произошло на перегоне между станцией Зима и станцией Тыреть. Немедленный поиск пропавших ящиков ничего не дал. Впоследствии в течение многих лет эти ящики безрезультатно искали между указанными двумя станциями.
12 января 1920 года партизаны предъявили чехословакам новый ультиматум: они готовы пропустить их на восток при условии, что те передадут Колчака, членов его правительства и вагоны с золотым запасом властям в Иркутске, который к этому времени оказался в руках восставших. Восстание возглавлял «Политический центр» (или «Политцентр»), состоявший из меньшевиков и эсеров, и, видимо, руководство интервентов решило, что таким образом золото не попадет в руки Советской России. Однако интервенты не учли одного: несмотря на то, что власть в Иркутске принадлежала Политцентру, вооруженные силы повстанцев находились под руководством большевистского Военно-революционного комитета. В ходе переговоров чехословаки приняли условия ультиматума. Была создана смешанная охрана из партизан и чехословаков для охраны поездов с Колчаком и золотом.
15 января эшелоны прибыли на станцию Иркутск-I. Как отмечали свидетели, на станции оказались отряды не только красных партизан, но также отряды японцев и поляков. Правда, интервенты не решились атаковать преобладавшие силы партизан.
15 января чехословаки передали «золотые вагоны», а также Колчака и сопровождавших его лиц в распоряжение Политцентра. Однако уже 21 января Политцентр сложил свои полномочия и передал власть в руки большевистского Военно-революционного комитета. 7 февраля по постановлению Военно-революционного комитета «верховный правитель» А. В. Колчак и премьер-министр его правительства А. Н. Пепеляев были расстреляны.
17 февраля Военно-революционный комитет передал В. И. Ленину сообщение, в котором говорилось о том, что «на вокзале в Иркутске находятся в вагонах под смешанной охраной – нашей и чехов – запас золота». В сообщении говорилось о результатах проверки содержания 13 «золотых» вагонов. В них оказалось 199 ящиков со слитками золота весом 619 пудов 29 фунтов 68 долей и 6616 ящиков с монетой разных чеканок весом 20 823 пуда. Общая стоимость этого золота по приблизительному подсчету составила 409 625 870 рублей 23 копейки. Таким образом, за время пребывания золота у Колчака только с мая 1919 по середину января 1920 года золотой запас сократился примерно на 242 миллиона золотых рублей.
Был сформирован эшелон для перевозки золотого запаса из Иркутска. Он состоял из 26 вагонов: в 13 вагонах везли золото, в остальных ехала охрана. Руководил эшелоном коммунист Александр Афанасьевич Косухин. 22 марта в обстановке чрезвычайной секретности эшелон двинулся на запад. Лишь 3 мая эшелон прибыл в Казань, и в тот же день началась выгрузка золотого запаса в помещение Казанского банка, откуда он был вывезен более полутора года назад. 12 октября 1920 года золотой запас был доставлен в Москву.