В ходе начавшейся дискуссии с Воландом Берлиоз отвергает все существующие доказательства бытия Божия, которых, по утверждению загадочного профессора-иностранца, «как известно, существует ровно пять». Председатель МАССОЛИТа полагает, что «ни одно из этих доказательств ничего не стоит, и человечество давно сдало их в архив. Ведь согласитесь, что в области разума никакого доказательства существования бога быть не может». Воланд в ответ замечает, что это — повторение мысли великого Канта, который «начисто разрушил все пять доказательств, а затем, как бы в насмешку над самим собою, соорудил собственное шестое доказательство!
— Доказательство Канта, — тонко улыбнувшись, возразил образованный редактор, — также неубедительно. И недаром Шиллер говорил, что кантовские рассуждения по этому вопросу могут удовлетворить только рабов, а Штраус просто смеялся над этим доказательством!»
Данный диалог, несомненно, восходит к тексту статьи П.Васильева «Бог» Энциклопедического словаря Брокгауза и Ефрона, где Кант назван создателем пятого по счету доказательства бытия Бога — нравственного, в дополнение к четырем существовавшим ранее — историческому, космологическому, телеологическому и онтологическому. Интересно, что в первой редакции булгаковского романа доказательство Канта называлось пятым, а «доказательство Воланда» — предсказание гибели Берлиоза — выступало в качестве шестого, решающего доказательства.
Как подчеркивалось в статье «Бог», Кант считал, что «в нашей совести существует безусловное требование нравственного закона, который не творим мы сами и который не происходит из взаимного соглашения людей, в видах общественного благосостояния». Вместе с тем, немецкий философ не признавал «возможным найти какое бы то ни было доказательство бытия Божия в области чистого разума». Булгаков в процессе работы над «Мастером и Маргаритой», обратившись к кантовской работе «Единственно возможное основание для доказательства бытия Бога», выяснил, что здесь философ опроверг еще одно доказательство — логическое, пятое по общему счету. Поэтому в окончательном тексте романа кантовское нравственное доказательство из пятого сделалось шестым, а решающее доказательство Иоланда — седьмым.
В статье словаря Брокгауза и Ефрона отмечалось, что поскольку «Кантово доказательство утверждает бытие личного Бога, то против него восстали все пантеисты: Фихте, Шеллинг и Гегель порицают его довольно резко, и Шиллер говорит, что Кант проповедует нравственность, пригодную только для рабов, Штраус насмешливо замечает, что Кант к своей системе, по духу противной теизму, пристроил комнатку, где бы поместить Бога». Берлиоз почти дословно повторяет эти слова.
Булгаков намеренно раскрывает перед читателями главный источник эрудиции Берлиоза — Энциклопедический словарь Брокгауза и Ефрона. Писатель с иронией говорит об образованности редактора (в ранней редакции прямо назывался редактируемый Берлиозом журнал — «Богоборец», по аналогии с реально существовавшим «Безбожником»), ясно давая понять, что ни Иммануила Канта, ни Фридриха Шиллера, ни Давида Фридриха Штрауса председатель МАССОЛИТа в действительности не читал.
Берлиоз утверждает, что об Иисусе Христе «никогда ни словом» не упоминал знаменитый Иосиф Флавий.
На самом деле, как известно, в дошедшем до нас тексте «Иудейских древностей» Флавий пишет об Иисусе, но называет его мессией, что было совершенно невозможно для правоверного приверженца иудаизма, каким был историк. Это обстоятельство позволяло сторонникам мифологической школы считать данное место позднейшей вставкой христианских редакторов. Однако уже при жизни Булгакова существовало доказательство подлинности сообщения Иосифа Флавия об Иисусе, что, в свою очередь, подтверждало историчность Христа.
Еще в 1912 году русский ученый, профессор Дерптского (ныне Тартуского) университета Александр Александрович Васильев опубликовал во французском журнале «Восточная патрология» текст и перевод хроники Агапия Манбиджского — христианского епископа и арабского историка X века. В этой хронике цитируется и посвященная Иисусу часть труда Флавия, причем Агапий использовал сирийский перевод с не дошедшего до нас греческого оригинала. В его изложении данное место читается следующим образом: «В то время жил мудрый человек, которого звали Иисусом. Образ жизни его был достойным, и он славился своей добродетелью. И многие люди из иудеев и других народов стали его учениками; Пилат приговорил его к распятию и смерти. Но те, что стали его учениками, не отреклись от его учения. Они сообщили, что он явился им через три дня после распятия и что он был живым. Полагают (или возможно), что он был мессией, относительно которого пророки предсказали чудеса». Здесь о том, что Иисус был мессией, Флавий говорит лишь со ссылкой на мнение, распространенное среди учеников казненного, отнюдь не солидаризуясь с ним.