Некоторые данные позволяют предположить, что Миранда обязан был своей жизнью генеральному прокурору ревтрибунала Фукье-Тинвиллю, который продолжал выполнять свои функции и в период диктатуры якобинцев. Фукье-Тинвилль знал о невиновности Миранды; кроме того, он чувствовал личную симпатию к креолу. Поэтому он насколько мог затягивал вызов Миранды в ревтрибунал, что означало бы для последнего только одно — встречу с гильотиной.
И вновь встает вопрос: что делать? Политическое положение — весьма туманное. Якобинцы разгромлены, но не уничтожены, у них еще много друзей в Конвенте, в правительственных учреждениях, их авторитет высок среди плебейских масс. Подняли голову и остатки жирондистов. Легитимисты, клерикалы, генералы — все конспирируют, надеясь пробраться к власти. Возникают самые странные альянсы, в которые входят революционеры и реакционеры. Вчерашние враги превращаются в друзей только для того, чтобы на следующий день предать друг друга.
В это смутное время Миранда становится центром притяжения для многих честолюбивых политиканов, претендующих на власть, но не располагающих для этого ни силой, ни авторитетом. Водоворот событий втягивает Миранду в эту опасную игру, которая может привести его скорей на эшафот, чем к власти.
Миранда потребовал от правительства уплатить ему жалованье за месяцы тюремного заключения и возместить другие убытки. Предъявленный Мирандой счет превышал сорок две тысячи ливров. Он получил только шестнадцать тысяч, но и этого было достаточно, чтобы нанять приличный дом, слуг, обзавестись собственным выездом.
Он встречается с Дельфиной де Кюстен. Их дружба вскоре переходит в сентиментальную связь. У Дельфины много других влиятельных поклонников: Сегюр, Фуше, молодой генерал Наполеон Бонапарт. Миранду представляют Бонапарту, который высказывается о нем так: «Это Дон-Кихот, с той только разницей, что не сумасшедший. Это человек, в душе которого горит священный огонь свободы». Миранда — частый гость в салоне мадам де Сталь — дочери Неккера, дальновидного министра Людовика XVI, вышедшей замуж за шведского барона, посла этой страны в Париже. Оставшиеся в живых жирондисты питают к Миранде особые симпатии, считают его своим. Его назначают душеприказчиком покойного Бриссо, погибшего на гильотине, поручают ему воспитание детей этого вождя Жиронды.
Весной 1795 года происходят народные волнения в Париже. Народ врывается в Конвент, требует хлеба, работы. Правительство бросает против народа войска. В Париже идут аресты противников правительства, полиция ищет также Миранду, который вынужден некоторое время скрываться.
Новое пребывание в подполье Миранда использовал для написания работы, в которой высказывал свою точку зрения на французскую революцию. В июле эта работа вышла в Париже под названием «О современном положении Франции и средствах ее избавления от бедствий». В ней он осуждал «тиранию» Робеспьера и высказывался за строгое разделение законодательной, исполнительной и судебной власти. Миранда выступил против завоевательных войн. Он писал: «Слава завоеваний недостойна республики, основанной на правах человека и на возвышенных принципах философии». Он критиковал также вмешательство во внутренние дела других стран.
В августе 1795 года Конвент, контролируемый термидорианцами, принял новую конституцию, предоставляющую права только налогоплательщикам. Новая конституция вызвала большое возмущение в широких слоях населения, им воспользовались роялисты. 5 октября они сделали попытку возглавить толпы народа, штурмовавшие Конвент. Мятеж был подавлен войсками, которыми командовал Наполеон Бонапарт. В Париже снова начались аресты не только среди роялистов, но и оппозиционеров-республиканцев. И снова полиция ищет Миранду. Ходили слухи, что жирондисты принимали участие в мятеже и готовились провозгласить военную диктатуру во главе с бывшим военным министром Сервеном и генералом Мирандой.
Миранда скрывается у надежных друзей. Из своего укрытия он обращается к новому правительству — Директории, отрицая свою причастность к заговору и требуя отмены приказа о своем аресте. Полиция продолжает его преследовать. 26 ноября Миранду арестуют, но судья после допроса освобождает его. Тогда Директория издает приказ выслать Миранду из пределов Франции. Его вновь арестовывают. Но по дороге в тюрьму он заходит в сопровождении жандармов проститься с одной своей знакомой и, пока жандармы в одной из комнат принимают от гостеприимной хозяйки угощение, Миранда бежит через черный ход.
И снова Миранда в подполье и снова пишет послания правительству, в газеты, в законодательные органы, издает брошюры и листовки, опровергает: клеветнические обвинения, выдвинутые против него. Наконец 25 апреля 1796 года Директория отменяет приказ о его высылке, и он вновь появляется в парижских салонах.