В бюджете Института имелись суммы на научные командировки, которыми можно было воспользоваться для геологических исследований с согласия попечителя учебного округа. Вопросы по географии и геологии Центральной Азии продолжали меня интересовать, и я постоянно следил за результатами экспедиций Козлова и других исследователей. Но принять самому участие в изучении этой обширной страны я мог только в летнее каникулярное время, так как обязанности профессора и декана привязывали меня к Томску с начала сентября до половины или конца мая. Поэтому нужно было выбрать для исследований часть Центральной Азии, самую близкую к нашим границам и вместе с тем легко доступную по путям сообщения, чтобы не затрачивать слишком большую часть летних каникул на проезд туда и обратно.
Во время моих бесед с Э. Зюссом в Вене в 1899 г., по вопросам геологии Азии, перед нами лежала карта Центральной Азии. Зюсс рассказывал мне об «алтаидах», складчатых цепях, вздымавшихся подобно волнам моря, расходясь в разные стороны от того центра, в котором было нарушено спокойствие пластов земной коры. Этим центром, более молодым, чем древнее темя Азии, расположенное вокруг озера Байкал, он считал Алтай, почему и назвал алтаидами волны складок, распространившихся отсюда по Азии и в другие материки. Но, — сказал он, указывая местность между Алтаем и Тянь-шанем, — здесь геологические данные отсутствуют, и как алтаиды переходят из Алтая в Тянь-шань, можно только предполагать.
Действительно, к югу от озера Зайсан-нор и долины Черного Иртыша, ограничивающей Монгольский Алтай, вся местность, вплоть до северного подножия хребта Боро-хоро, северной цепи Восточного Тянь-шаня, оставалась почти не исследованной, хотя через нее проходили экспедиции Пржевальского, Певцова, Роборовского и Козлова. Весной 1905 г., обдумывая, куда, отправиться на лето для новых исследований, по которым я за три года успел соскучиться, я вспомнил разговор с Зюссом, познакомился с литературой об упоминавшейся местности, подсчитал время и стоимость проезда туда и обратно и написал русскому консулу в Чугучак относительно возможности выехать туда без хлопот в министерстве о заграничном паспорте. Ответ получился очень скоро; оказалось, что должность консула занимает С. В. Соков, с которым я познакомился в октябре 1894 г. в Кульдже, возвращаясь из экспедиции в Центральную Азию; он был там секретарем консульства. Он сообщал, что в Чугучак, расположенный в 20 верстах от русской границы, можно приехать без заграничного паспорта и что разрешение на мои исследования в соседней части провинции Синь-цзянь он получит от местного китайского начальства. Таким образом, экспедиция на летнее время в эту местность оказалась легко осуществимой, и я подал директору института просьбу о командировке туда с пособием из соответствующих средств.
В экспедицию я взял с собой двух сыновей 14 и 17 лет, чтобы познакомить их с условиями жизни и работы путешественника, и двух студентов Горного отделения для геологической практики. Довольно длинный путь до границы можно было использовать для ознакомления с геологическим строением местности в русских пределах, в общих чертах уже известной после исследований, выполненных Западно-Сибирской партией перед постройкой железной дороги через Сибирь. Наблюдения за границей затем можно будет примкнуть к этим данным. Таким образом, экспедиция в Центральную Азию давала возможность несколько увеличить наши сведения по геологии Сибири. Местность между Алтаем и Тянь-шанем, избранная для изучения, представляла северо-западную часть Китайской Джунгаоии, непосредственно прилетающую к нашей границе, и ее можно было назвать Пограничной Джунгарией. Русско-китайская граница образовывала здесь большой угол, открытый на юго-восток, и резала очень прихотливо горные цепи Саур, Манрак и Тарбагатай, а также западную окраину хребта Барлык; части этих гор, более или менее значительные, находились на русской территории и, конечно, также представляли интерес для изучения. Это еще усиливало значение предположенной экспедиции для увеличения наших сведений по геологии Сибири.
Наблюдения, выполненные во время этой экспедиции в Пограничную Джунгарию, уже описаны мною в книге «В горах и пустынях Средней Азии», изданной Академией Наук в 1948 г. Поэтому я здесь ограничусь описанием, касающимся только местности, бегло изученной на пути до границы, входящей еще в пределы Сибири в широком географическом смысле, а точнее представляющей восточную часть обширной Киргизской степи (по старой терминологии), вошедшей в состав Казахской ССР.