Однако военный совет возражал против отъезда принца, поскольку это лишало роялистов их знамени. Девонширские дворяне считали, что Карл должен вступить в переговоры о мире с парламентом; он попытался это сделать, но вождям парламентских сил нужна была только безоговорочная капитуляция. Однако военные действия пока обходили запад стороной, и даже после взятия Бристоля в сентябре военный совет роялистов не терял надежды сохранить на этой территории власть короля. Вскоре вспыхнула ссора между роялистскими генералами Горингом и Гринвиллом, один из них бежал во Францию, а другой сдался противнику. Несмотря на поступающие от короля требования отъезда, Карл продолжал оставаться в Англии, надеясь сплотить разрозненные отряды роялистов и с ними освободить Эксетер, осажденный армией парламента. В конце концов он обосновался в замке Пенденнис на самом западе Корнуолла; 2 марта, когда армия Фэрфакса уже подошла на расстояние двадцати миль, принц сел на ждущий его фрегат и отплыл на острова Силли. Остатки его армии под командованием Хоптона тут же разбежались.
Больше месяца Карл вместе с Хайдом и Калпеппером прожил на уединенных островах, время от времени получая письма от парламента, который «со всей любовью и терпимостью» приглашал его приехать в Лондон. В то время большая часть депутатов еще надеялась сохранить монархию и была не прочь сделать принца конституционным королем. Но Карл всякий раз отвечал, что не может приехать без согласия отца, который воевал на севере. В апреле острова были окружены сильным парламентским флотом, но, к счастью для принца, налетел шторм и рассеял вражеские корабли. Советники решили больше не испытывать судьбу, и скоро принц уже был на острове Джерси, откуда он собирался отправиться во Францию. Надо сказать, что он был не таким уж одиноким изгнанником, как сам рассказывал позже, — на Джерси с ним было триста человек свиты, включая прачек, портных и ювелиров. 5 мая король сдался шотландцам в Ньюарке, и положение роялистов стало бесперспективным. Только тогда Карл покинул Джерси и отплыл в Париж, где его ожидала мать. Хайд и другие сторонники принца не последовали за ним, а отбыли на север, чтобы до конца быть с королем. Так закончилась первая глава политической карьеры Карла.
В Париже королеву-изгнанницу с сыном ждал вежливый, но достаточно холодный прием. Кардинал Мазарини, фактический правитель Франции, вовсе не желал быть вовлеченным в войну с английским парламентом на стороне короля. Не хотел он и принимать тысячи роялистов, которые неизбежно должны были явиться во Францию вслед за принцем. Сначала Карлу отказали в пособии, о котором просила мать, потом не взяли в кавалерийский полк Карла Орлеанского; в то время он заболел малярией и долгое время мучился от ее последствий. Два года его жизни в Париже пролетели довольно весело в компании молодых друзей — герцога Бэкингема (сына бывшего фаворита) и лорда Перси. Там он получил первые уроки любви и другие уроки — политики, которой его учил знаменитый философ Гоббс; взойдя на трон, Карл назначил ему пенсию.
В 1648 году началась новая гражданская война, и принц тут же покинул мирные забавы Парижа. С армией эмигрантов-роялистов он в июле высадился в устье Темзы и взял множество трофеев, но при приближении парламентской армии был вынужден вернуться в Голландию. Там его приняли радушно; особенно скрашивала его жизнь красотка Люси Уолтерс. Вскоре она родила сына Джеймса, который после восшествия Карла на трон стал герцогом Монмутом и принес много неприятностей и королю, и его наследнику. Несмотря на ласки Люси, следующие несколько месяцев выдались довольно мрачными. В бездействии Карл выслушивал известия о все новых поражениях шотландских сторонников Стюартов, об аресте короля и подготовке суда над ним. Позже Карл говорил об отце с таким же веселым цинизмом, как и обо всем остальном, но в те дни он был по-настоящему взволнован. Он требовал вмешательства голландских Генеральных штатов, обращался за помощью к Фэрфаксу и другим умеренным генералам; наконец, отослал в парламент чистый лист со своей подписью, предложив вписать любые условия, на которых депутаты готовы пощадить жизнь отца. Однако Карл был казнен, и 5 января шотландцы провозгласили его сына королем Карлом II. Его признали также в Ирландии, и даже из Англии приходили известия о поддержке и сочувствии.