У казаков была собственная военная организация, и они не считали себя составной частью регулярной армии. Отдельные их группы, разбросанные по стране, не желали подчиняться приказам даже собственных старших по чину. Когда истощались запасы, они обирали население, что очень походило на разбой. В письме Строгановым от 25 мая 1613 г. епископы точно описывали ситуацию (не только относительно казаков, но и вообще военных), говоря, что, когда они не получают жалованья, то либо идут домой, либо волей-неволей грабят.616
Однако кроме этих вынужденных грабителей среди казаков было немало и настоящих разбойников, особенно среди людей Заруцкого.В деле с казаками правительству нужно было действовать осмотрительно и осторожно. Они схватили главарей бандитов, а с вынужденными грабителями попытались справиться с помощью убеждения и регулярной выплаты жалованья.
В конце апреля 1613 г. Земский Собор получил от боярина Шереметева и «людей всех чинов», а также от самого царя, который в это время находился в Троицком монастыре на пути из Костромы в Москву, жалобы на бесчинства казаков. Скорее всего, письмо царя было написано Шереметевым или, во всяком случае, по его совету. Царь потребовал принять против грабежей строгие меры. Он особо подчеркивал бессмысленную жестокость казаков.617
Правители прекрасно знали, что казаки не пожелают подчиниться никаким приказам и их необходимо убедить самих принять необходимые меры. Этот подход себя оправдал. В ответе царю Земский Собор доложил, что царское послание торжественно зачитали в Успенском соборе казакам и «всем людям», и казаки поклялись верно служить царю, изловить и наказать бандитов. Казаки установили собственную систему инспектирования своих лагерей (таборов). Общим решением всех казаков была назначена комиссия из двух атаманов для периодической проверки людей в каждом подразделении и ареста бандитов, нашедших там убежище. Кроме того, казацкая военная полиция должна была патрулировать улицы Москвы и ее пригороды.618
Отношения с казаками внутри Московии, таким образом, более или менее нормализовались. Но ситуация с внешними казаками, особенно с группой Заруцкого и Марины, вызывала серьезные опасения и с военной, и с политической точек зрения. Еще до прибытия царя Михаила из Костромы в Москву временное правительство выслало против Заруцкого войска под командованием князя И.Н. Одоевского. В мае 1613 г. Одоевский сразился с ним у Воронежа. Заруцкий и Марина отступили в Астрахань. Разместив в Астрахани свой штаб, Заруцкий отправил шаху Персии посла с просьбой принять его в качестве вассала. Одновременно Заруцкий готовился к походу на Московию вверх по Волге и призывал всех казаков поддержать его.
Для московского правительства ситуация становилась угрожающёй. Все зависело от отношения независимых казацких армий, особенно от самой сильной из них – Донской.
Собор направил в Донскую армию послание, официально объявляя казакам об избрании Михаила и побуждая их выступить против поляков на защиту православной церкви. Вместе с посланием Донская армия получила деньга, обмундирование, селитру, порох, водку и провиант. Донские казаки изъявили свое желание служить Михаилу так же верно, как они служили его предшественникам. Звонили церковные колокола, служились благодарственные молебны.619
Тогда донских казаков еще не попросили помочь Москве справиться с Заруцким. Такой шаг представлялся неуместным. Однако, когда стало ясно, что с Заруцким не удастся покончить одним ударом, московское правительство было вынуждено обратиться к войску Донскому. Пока же царь пожаловал войску Донскому привилегии и государственное знамя. Последнее являло собой знак его благоволения к армии и символизировало присоединение к государственным войскам.620
18 марта 1614 г. царь, епископы и Собор направили донским волжским казакам послания, убеждая их не поддерживать Заруцкого, а, напротив, помочь Москве остановить его.621
Одновременно Собор обратился и к самому Заруцкому, убеждая его оставить Марину, тогда царь даровал бы ему прощение.622Донские казаки, в свою очередь, написали Волжской, Терецкой. Яицкой казацким армиям, рассказывая о царских милостях и подарках (к этому времени пожалованных всем казацким армиям) и призывая хранить верность царю и не поддерживать его врагов (имя Заруцкого не называлось).623
Тогда как многие из бедных казаков симпатизировали Заруцкому, большинство отвернулось от него. Посадские Астрахани поднялись на открытое восстание против Заруцкого. Он со своими последователями удерживал астраханский кремль (крепость), но контролировали его враги.