Тревога в Москве продлилась недолго, поскольку вскоре стало очевидно, что Выговский находился не в том положении, чтобы воспользоваться плодами своей победы. Украина переживала муки гражданской войны, которая была неизбежной, поскольку программу Выговского, включающую в себя олигархическую конституцию и объединение с Польшей, поддерживало меньшинство казаков. Кроме того, крымский хан не хотел начинать большую войну против Москвы, особенно из-за того, что он был хорошо осведомлен о разногласиях среди казаков. Поэтому он вскоре ушел в Крым с большей частью своей армии, оставив с Выговским небольшой татарский отряд. Конотопская кампания принесла татарам хорошие дивиденды. На пути домой они захватили тысячи пленников из левобережных украинских городов и деревень и взяли богатую добычу.
Не только казацкая «чернь», но и многие лидеры старшин присоединились к восстанию против Выговского. В сентябре старшины созвали общую раду в Германовке. Выговский отказался от своей должсности и бежал в ближайший лагерь польских войск, расположенный недалеко от Белой Церкви. 11 сентября Юрий Хмельницкий был избран гетманом днепровского правобережья. Чтобы воспрепятствовать какому-либо нападению со стороны поляков на левобережную Украину, а также чтобы войти в контакт с новым гетманом, Трубецкой направился из Путивля в Переяслав, до которого добрался 27 сентября и был принят переяславским казачьим полковником и всем населением. Начались переговоры между представителями Юрия Хмельницкого и Трубецким. Юрий по-прежнему был не способен править. Группа старшин проводила казацкую политику от его имени. Самым талантливым человеком в этой группе был прежний прилуцкий полковник Петр Дорошенко.
Старшины представили на рассмотрение Трубецкому перечень условий, на которых казацкая армия возвращалась под власть царя. Среди них было требование, чтобы царь вел переписку с запорожским кошем не иначе, как только через гетманскую канцелярию. Гетману должно быть возвращено право принимать иностранных послов; малороссийская церковь должна была остаться под юрисдикцией патриарха Константинопольского.1135
Трубецкой ответил, что эту программу следует представить на рассмотрение рады. Он был прекрасно осведомлен, что большинство рядовых казаков, а также горожан и крестьян в большей мере симпатизировали запорожскому кошу, нежели аристократической группе правобережных старшин. Кроме того, левобережные старшины уже проявили готовность выступить на стороне паря. Таким образом, Москва могла надеяться на свое влияние в украинских делах.9 октября Юрий Хмельницкий и лидеры старшин прибыли в Переяслав. На следующий день они были приняты Трубецким, который объявил им, что они прощены царем за свою прежнюю поддержку Выговского на том условии, что в дальнейшем они будут верно служить царю. После этого Трубецкой попросил Юрия Хмельницкого созвать раду для избрания нового гетмана, которого признают по обоим берегам Украины. Он настаивал на том, чтобы для участия в раде были приглашены не только казаки, но также горожане и крестьяне.
Рада была созвана 17 октября. Правобережную Украину представляли Юрий Хмельницкий и группа старшин, поддерживавших левобережную – ее действующий гетман Беспалый, все его полковники я старшины и вся «червь». Московский воевода Киева В.Б. Шереметев и полевой воевода в левобережной Украине – князь Г.Г. Ромодановский – прибыли в Переяслав, чтобы действовать в качестве советников Трубецкого.
Из-за огромного количества участников раду пришлось проводить в открытом поле возле города. Чтобы воспрепятствовать антимосковским выступлениям со стороны правобережных старшин, неподалеку расположился отряд московских войск.
Рада единодушно избрала Юрия Хмельницкого гетманом обоих берегов Украины. Затем был зачитан и утвержден радой свод статей Богдана Хмельницкого (условия объединения Украины с Москвой в марте 1654 г.). Вслед за этим Трубецкой обнародовал перечень новых статей предлагаемых Москвой, которые следовало обсудить на раде. Суть этих статей заключалась в усилении московского контроле над Украиной и в ограничении власти гетмана и полковников путем предоставления больших прав рядовым казакам.1136
Среди прочих пунктов, Москва требовала, чтобы московские гарнизоны вдобавок к Киеву, были расположены в следующих пяти городах: Переяславе, Нежине и Чернигове на левом берегу; Браславе и Умани – на правом. Цель этих гарнизонов была чисто военная – стоять на страже во избежании польских и татарских нападений. Воевода каждого гарнизона не должен будет иметь власти над гражданским населением и не должен вмешиваться в казацкие дела.