В конце 1641 г., имея некоторые разногласия с анзерским настоятелем, Никон направился в маленький скит – Кожеозеро, расположенный на реке Коже в районе Каргополя.. Сначала Никон продолжил свой уединенный образ жизни, но в 1643 г. умер настоятель Кожеозера, и монахи избрали Никона его преемником. Ему нужно было поехать в Новгород для официального введения в должность. Никон оказался деятельным руководителем. При его правлении число монахов значительно увеличилось. Еще до его избрания настоятелем Кожеозерский монастырь получил влиятельного покровителя из Москвы – думского дьяка Григория Львова, чей брат привял монашеский постриг в Кожеозере. При Никоне княгиня Куракина подарила монастырю серебряный крест. Царь Михаил послал в качестве своих даров список Псалтыря, 10 рублей деньгами и грамоту, дарующую Кожеозеру земли и рыболовные места.1193
В1646 г. обязанности Никона, как настоятеля, потребовали от него поездки в Москву. Как было положено, он нанес визит исповеднику юного царя Алексея протопопу Стефану Вонифатьеву, который после этого представил Никона царю. Как на царя, так и на его исповедника личность Кожеозерского настоятеля произвела благоприятное впечатление. Случилось так, что в то время было вакантным место архимандрита Ново-Спасского монастыря в Москве и Никона избрали новым архимандритом.
ЧТО касается Никона, то его привлекали личности как Стефана, так и царя Алексея. Он уважал религиозность протопопа и его добросовестные усилия, направленные на то, чтобы поднять интеллектуальный и духовный уровень духовенства и всех верующих. Через Стефана Никон стал участником движения ревнителей.
Никон стал также близким другом царя. В какой-то степени это было связано с тем, что Ново-Спасский монастырь обеспечивая постоянным доходом со стороны рода Романовых и служил их семейным местом захоронения. Таким образом, архимандрит оказывался в тесной связи с царским двором. Царь, как это было заведено, часто посещал монастырь, и он определил Никона для проведения утренних служб каждую пятницу в дворцовой часовне.
Дружба между Алексеем и Никоном крепла все сильнее, а вместе с ней возрастало и влияние Никона на царя. Когда они встретились первый раз в 1646 г., Никону был сорок один год (род. в 1605 г., а Алексею всего семнадцать (род. в 1629). Юный царь нуждался не только в друге, но и в наставнике. На протяжении первых трех лет его царствования его прежний наставник – боярин Морозов – фактически руководил правительством и администрацией, но московские бунты 1648 г. привели к его падению.
Государственные обязанности Морозова перешли в руки, бояр, но царь нуждался, кроме этого, в личном советнике, которому он мог бы доверять абсолютно. Вполне естественно, что Никон «мой особый (собинный) друг», как обычно называл его Алексей, стал именно таким советником. Хотя поначалу Никон не вмешивался в государственные дела и не был согласен с определенными статьями в новом своде законов 1649 г. (который, тем не менее, он подписал), он мог в своих частных беседах с царем выражать свое мнение по поводу как государственных, так и церковных дел, а также о деталях;
управления. Но что важнее всего, Никон привлек внимание молодого, царя к своим идеям по поводу должного взаимоотношения между церковью и государством и к настойчивому требованию того, чтобы церковь была свободной от всяких нарушений со стороны государственной администрации. Аргументация Никона произвела сильное впечатление на царя.
В 1649 г. – том самом году, когда был опубликован новый свод законов – освободилась кафедра митрополита в Новгороде. По совету Стефана Вонифатьева царь с радостью поддержал кандидатуру Никона. Новгородская епархия включала в себя всю северную часть России, и митрополит занимал одну из самых высоких позиций в московской церковной иерархии. Перед тем, как принять назначение, Никон попросил царя освободить эту епархию от действия предписаний нового свода законов, который подчинял население церковных и монастырских земель вновь созданному Монастырскому приказу, а духовенство – светским судам. Царь даровал такое освобождение, и Никон вступил в должность.
Во время новгородского восстания 1650 г. и паники местных должностных лиц Никону ничего не оставалось, кроме как вмешаться в ход событий. Его смелые действия во многом способствовали восстановлению порядка, и это сильно подняло его престиж в Москве. Инициатива Никона по канонизации митрополита Филиппа демонстрировала масштаб его влияния на царя Алексея.
Представляется вполне вероятным, что после новгородских событий Алексей стал считать Никона естественным кандидатом на патриарший престол, когда тот освободится, а этот момент приближался ввиду преклонного возраста и слабого здоровья патриарха Иосифа.
Формулировки в царском письме к Никону, написанном после смерти Иосифа, ясно показывают, что Никон выдвигался кандидатом на его место.1194