Он родился на острове Хиос в 1612 г. В возрасте тринадцати лет его приняли учеником в школу Св. Афанасия в Риме, основанную папой Григорием XIII для униатских греков. Он закончил ее с высшим: отличием в 1636 г. Один из руководителей школы, известный ученый Лев Аллаций хвалил Паисия следующими словами: «Пытливый ум; твердый характер; хорошо начитан, особенно – в церковных вопросах; даровитый и артистичный оратор как на классическом, так и на современном греческом, не чуждый классической поэзии; человек, готовый пролить свою кровь за католическую веру».
В 1641 г. Паисия послали в Константинополь в качестве миссионера Конгрегации. Конгрегация была довольна его деятельностью, и вскоре ему увеличили жалование. В 1644 г. из-за жалоб греко-православного патриарха Константинопольского Паисий вынужден был покинуть город и направиться в Молдавию. Около 1651 г. он встретился там с греко-православным патриархом Иерусалима, тоже Паисием, и был принят им в православную церковь. Паисий Лигарид стал православным монахом. После этого патриарх отдал его на временное послушание под руководство русского монаха, Арсения Суханова, который как раз в то время находился на Ближнем Востоке.
На следующий год патриарх Паисий рукоположил Лигарида православным митрополитом Газы в Палестине. Лигарид принял этот титул, но в свою епархию так и не поехал. К 1657 г. он жил в Валахии. Несмотря на официальное обращение в православие, Лигарид продолжал посылать донесения в Конгрегацию Пропаганды и получать оттуда, жалование.
Патриарх Никон, постоянно разыскивавший талантливых греческих ученых, услышал о Лигариде и в 1657 г. пригласил его в Москву. Лигарид не отклонил предложения, но и не спешил воспользоваться им. Он появился в Москве в начале 1662 г. Нет сомнения в том, что, благодаря выгодному сложению Валахии, в которой он находился, и через которую (как и через Молдавию) шел постоянный поток греческих священников, монахов и купцов по дороге в Киев и Москву, Лигарид был прекрасно осведомлен о разрыве между царем и патриархом, а также о намерении бояр воспользоваться авторитетом восточных патриархов против Никона.
Представляется вполне вероятным, что бояре, которые были осведомлены, что Никои приглашал Лигарида, по всей вероятности попытались войти с ним в контакт и привлечь его на свою сторону. Во всяком случае, когда Лигарид приехал в Москву, он предложил свои услуги боярской партии.
Его приезд явился своего рода подарком для противников Никона. Он стал главной опорой царя в кампания против Никона. Сначала он порекомендовал, чтобы подготовили заявление об ошибочности действий Никона; затем, чтобы проконсультировались у восточных патриархов; и в-третьих, чтобы Никон предстал перед судом нового церковного Собора.
Было решено, что боярин Семен Лукьявович Стрешнев, брат покойной матери Алексея и один из непримиримых врагов Никона сформулирует ряд заявлений-вопросов с намерением обвинить патриарха, и что Лигарид будет комментировать их таким образом, чтобы обвинения были подтверждены. Вполве возможно, что прежде чем писать ответы, Лигарид – опытный полемист – отредактировал вопросы Стрешнева так, чтобы приспособить их к тем ответам, которые уже были у него заготовлены.1242
Некоторые вопросы касались поведения Никона, как патриарха. Среди всего прочего Стрешнев заявлял, что Никон не называл других священнослужителей «братьями», поскольку считал их ниже уровнем, чем он; что, одевая свое облачение для церковной службы, он расчесывал волосы, глядя в зеркало; что, давая своему монастырю (Воскресенскому) название «Новый Иерусалим», не бесчестил ли он имя Святого Города? (Этот вопрос, по всей видимости, был предложен Лигаридом).
Другая серия вопросов касалась гипотетического вторжения кона в полномочия царя. Грешил ли Никон, когда называл себя «великим государем»? Злоупотреблял ли Никон привилегиями, данными ему царем, в отношении церковных судов и в отношении прикосновенности Патриаршей области по образцу особого, дарования Константина Великого папе Сильвестру? Какого наказания заслуживает тот, кто называл царя тираном и преступником? Обладает ли царь полномочиями чтобы созвать церковный Собор для суда над Никоном? Совершает ли царь грех, оставляя церковь вдовой (т.е. не назначая нового патриарха)? Совершали ли грех те священнослужители и бояре, которые не стали советовать царю действовать в этом вопросе именно так?
В своих ответах, представленных на рассмотрение царя 15 августа 1662., Лигарид обвинял Никона по всем пунктам. О вине царя за несмещение Никона, Лигарид высказал мнение, что если у того была какая-то весомая причина для оттягивания этого, то он не совершил смертельного греха, но он все же грешен, поскольку его бездействие вводило многих в соблазн, а священнослужители и бояре совершали великий грех, не убедив царя действовать.
Чтобы держать дело Никона, под своим постоянным контролем, царь Алексей доверил вести его Тайному приказу.