Милославский не хотел ждать, когда стрельцы подымут его на копья, как подняли Артамона Матвеева, когда сам он, Милославский, разжигал смуту. Поспешно бросил Москву, мотался за городом, переезжая из одного места в другое.
Новый слух разнесся 19 августа. Готовился крестный ход из Успенского собора в Донской монастырь. Государи должны были следовать за крестами. Им донесли, что стрельцы готовят цареубийство. Цари остались во дворце, а на следующий день все царское семейство скрылось в Коломенском. Следом и бояре стали разъезжаться по вотчинам. Из думных в Москве остался лишь Хованский. Ходил и ездил под пышной стрелецкой охраной — от пятидесяти до ста человек. В воздухе висела тревога. К именинам царя Иоанна, к 29 августа, Софья затребовала от Хованского в Коломенское Стременной полк. Хованский ослушался. Отпустить единственный полк, что остался близок государям, значило усилить положение царевны. Но указ пришел снова. У трусоватого Хованского уже не хватило духу ослушаться. Стременные отправились в Коломенское.
По городу стали бродить слухи, что в праздник новолетия, 1 сентября, когда стрельцы будут в отлучке от дома, люди боярские, по наущению господ, нападут на жен и детей стрелецких. Но цари не приехали. Прислали указ Хованскому быть у действа Нового лета. Хованский не был. Праздник вышел пустынным, безлюдным: ни царей, ни бояр. И народу пришло совсем ничего. Патриарх сердился, москвичи пребывали в ужасе. Все ждали нового бунта. Стрельцы ожидали нападения.
Второго сентября в селе Коломенском нашли прилепленное к воротам подметное письмо с пометою: «Вручить государыне Царевне Софье Алексеевне»: «Извещают московский стрелец да два человека посадских на воров и на изменников, на боярина князя Ивана Хованского да на сына его князя Андрея. На нынешних неделях призывали они нас к себе в дом, человек 9 пехотного чина да пять человек посадских, и говорили, чтоб помогали им доступать царства Московского, и чтоб мы научали свою братью ваш царский корень известь, и чтоб придти большим собранием неожиданно в город и называть вас, государей, еретическими детьми и убить вас, государей, обоих, царицу Наталью Кирилловну, царевну Софью Алексеевну, патриарха и властей; а на одной бы царевне князю Андрею жениться, а остальных царевен постричь и разослать в дальние монастыри; да бояр побить: Одоевских троих, Черкасских двоих, Голицыных троих, Ивана Михайловича Милославского, Шереметевых двоих и иных многих людей из бояр, которые старой веры не любят, а новую заводят; и как то злое дело учинят, послать смущать во все Московское государство по городам и деревням, чтоб в городах посадские люди побили воевод и приказных людей, а крестьян поучать, чтоб побили бояр своих и людей боярских; а как государство замутится, и на Московское бы царство выбрали царем его, князя Ивана, а патриарха и властей поставить, кого изберут народом, которые бы старые книги любили. Когда Господь Бог все утишит, тогда мы вам, государям, объявимся; имен нам своих написать невозможно; а приметы у нас: у одного на правом плече бородавка черная, у другого на правой ноге, поперек берца, рубец, посечено, а третьего объявим мы, потому что у него примет никаких нет».
Цари покинули Коломенское, двинулись на Воробьево. 4-го — из Воробьева в Павловское. Далее — в Саввино-Сторожевский монастырь. Отсюда Софья стала рассылать гонцов по городам с грамотой к служилым людям. Вспомнила здесь о майском мятеже и погромах, о наущениях Хованского, его потворстве раскольникам, о Никите Пустоствяте, что на архиерея руку поднимал, о князьях Хованских, что теперь «мыслят зло государям», — хотят перебить бояр, окольничих и думных. И дабы не расширилось воровство, призывала Софья от имени великих государей послужить: немедля двинуться ратным людям на защиту государей.
Тринадцатого сентября двор был уже в Воздвиженском. Сюда собирались бояре, думные люди, окольничии, стольники, дворянское ополчение, люд московский. Князь Иван, начальник Стрелецкого приказа, был вызван сюда Софьей на день ее именин.
Старый Хованский поверил, от чувства собственного могущества уже совсем потерял голову. Пышная процессия ехала медленно: сам князь, стрелецкие выборные, многочисленные знакомцы и слуги. В селе Пушкине поезд остановился. Слуги разбили шатры для князя и свиты. Взирая на свой поезд, Хованский упивался своею силой.
Но уже было читано Софьей перед Думой подметное письмо, уже был произнесен приговор «казнить!», уже ехал боярин Лыков с приказом: схватить отца и сына Хованских и явить их в селе Воздвиженском.
Лыков со своими людьми окружил бивак старика Хованского, напал внезапно и взял его без особого труда. Узнав, что сын его, князь Андрей, сидит в своей подмосковной вотчине на Клязьме, послал людей и за ним.