Перейдя на сторону Махно, Полонский не только не изменил своим политическим убеждениям, но, как и многие другие, оказавшиеся в подобной ситуации коммунисты, рассматривал свое пребывание в повстанческих рядах как временное. В самом конце августа или начале сентября 1919 г. в беседе с командиром одного из бывших красноармейских отрядов Петром Грудачевым, решившим уйти от Махно и предложившим Полонскому сделать тоже самое, он заявил: «Представится случай – уйду. Вместе с полком. И еще уведем с собой батькиного воинства… партии своей Полонский не изменил. И – не изменит»38
. Как впоследствии утверждал один из мемуаристов, действуя в составе махновских войск, Полонский и его штаб всё время «держали полк на положении части Красной армии»39.В течение сентября 1919 г. 3-й Крымский повстанческий полк принимал активное участие в боевых действиях против белых. В этих боях Полонский проявил личную храбрость и воинский талант, которые принесли ему известность и авторитет среди повстанцев. В воспоминаниях В. Мирошевского даже утверждается, что в повстанческой армии Полонский пользовался «популярностью, почти равной популярности самого Махно»40
5 октября 1919 г. части Украинской партизанско-повстанческой армии имени Батько Махно заняли Александровск. По решению штаба армии 3-й Крымский повстанческий полк временно был оставлен в городе для несения гарнизонной службы, а его командир с 6 октября утвержден начальником гарнизона41
. Данное обстоятельство способствовало установлению связи между Полонским и местным большевистским комитетом, который с появлением в Александровске махновцев вышел из подполья и занял полулегальное положение. Уже 8 октября 1919 г. Полонский выступил с докладом на общем собрании Александровской организации КП(б)У. На этом же собрании при его непосредственном участии был определен характер дальнейшей работы организации: «продолжая занимать полулегальное положение, работать в Советах и профессиональных организациях и образовывать ячейки, не участвуя как партия в представительных органах»42. Через два дня, в связи с убытием 3-го Крымского повстанческого полка на фронт, на заседании партийного комитета было решено «выработать совместно с тов. Полонским способ постоянной связи между парткомом и тов[арищами] коммунистами в повстанческой армии»43.Необходимо отметить, что деятельность Александровской организации КП(б)У в этот период проходила без какой бы то ни было связи с Центром и носила самостоятельный характер. Правда, шаги по установлению связи с Москвой были предприняты. В связи с этим 16 октября 1919 г. партком принял следующее постановление: «До получения инструкций из центра придерживаться прежнего решения и принятой тактики по отношению к повстанч[еской] армии Б[атько] Махно и ее командованию, не участвуя в организационной работе»44
.Основное внимание коммунистов было сосредоточено на организации и ведении постоянной партийной работы в повстанческих частях и отрядах. Член Александровской организации и Екатеринославского губкома КП(б)У К. Даниленко в своем докладе в Зафронтбюро ЦК КП(б)У сообщала: «В повстанческой армии всё время велась партийная работа, были устроены в частях ком[мунистические] ячейки, руководителем работы в пов[станческой] армии был Полонский, кот[орый], в свою очередь, был все время связан сначала с Александр[овской] организацией и затем с Ек[атеринославским] губцентром»45
.27 октября 1919 г. представителями Александровского, Мариупольского, Бердянского и Мелитопольского комитетов КП(б)У была разработана «Временная инструкция партийной организации и тактики в области, занятой махновцами». В соответствии с этим документом вся работа партийных организаций направлялась на «борьбу против социалистического строительства анархистов и К°». В этой борьбе партийные организации должны были руководствоваться следующими положениями: поддерживать повстанческое движение, придавая ему партизанско-коммунистический характер; связываться с коммунистами в повстанческих отрядах, рекомендуя им не покидать армию; создавать коммунистические ячейки (нелегального характера), образующие ядро агитации в армии; стремиться к организации самостоятельных партизанских отрядов, главным образом путем вербовки свежих повстанческих сил; не брать на себя инициативы по организации экономических советов, а наоборот, вести против них агитацию46
. В доработке инструкции принял участие и Полонский, находившийся в то время в Александровске47. 30 октября 1919 г. партийный комитет заслушал и одобрил его доклад о военной организации. Тогда же, по-видимому, был решен вопрос о том, что мобилизуемые под руководством ревкома отряды должны будут явиться в полк Полонского48.