С 23 августа 1941 года старший майор госбезопасности (генерал-майор) П. Н. Кубаткин являлся начальником УНКВД по Ленинградской области и членом Военного совета Ленинградского фронта. В дни блокады Ленинграда он выполнял работу по обеспечению безопасности и порядка в осажденном городе. Возглавляя ленинградских чекистов, Кубаткин в 1945 году одновременно являлся Уполномоченным НКВД СССР по 2‑му Прибалтийскому фронту.
15 июня 1946 года генерал-лейтенант Кубаткин назначается руководителем советской внешней разведки.
В период работы в Ленинграде близко пересеклись судьбы члена Политбюро ЦК ВКП(б) и секретаря Ленинградского обкома партии Андрея Александровича Жданова и Петра Николаевича Кубаткина.
Для Кубаткина совместная работа со Ждановым оказалась весьма полезной. Как член Военного совета Ленинградского фронта Жданов был в курсе всех планов боевых операций. Функции органов государственной власти также были переданы Военному совету. Поэтому руководителю ленинградских чекистов Кубаткину приходилось едва ли не каждый день общаться со Ждановым, решая повседневно возникавшие проблемы.
После завершения военных операций, связанных с обороной Ленинграда, Жданов получил новое назначение – секретарем ЦК ВКП(б) по идеологической работе. Кубаткин же продолжал трудиться в Ленинграде. В столицу выезжал частенько как по служебным делам, так и для участия в работе сессий Верховного Совета СССР, депутатом которого он был избран по окончании войны.
После освобождения Павла Михайловича Фитина от должности начальника внешней разведки именно Жданов предложил Сталину назначить на эту должность Кубаткина. Возможно, мнение Жданова и его рекомендации сыграли в этом вопросе свою решающую роль. В июне 1946 года генерал-лейтенант Кубаткин стал начальником внешней разведки.
Повышение по службе не предвещало Петру Николаевичу спокойной жизни. Сотрудники внешней разведки трудились над решением первоочередных задач, поставленных перед ними Сталиным. А задачи эти были неимоверно важными и крайне сложными: речь шла о содействии советским ученым в создании ядерного оружия.
В такой обстановке единственную возможность для нормальной деятельности вверенной ему Службы Кубаткин видел в опоре на надежных людей. Из Ленинградского управления в центральный аппарат внешней разведки был переведен начальник Первого отдела Александр Сахаровский. Тогда же на работу во внешнюю разведку были направлены оперативный сотрудник Особого отдела НКВД Ленинграмдского военного округа Алексей Крохин и начальник одного из отелов УНКГБ по Ленинградской области Андрей Красавин. На учебу в Высшую разведывательную школу МГБ СССР были направлены Николай Дерябкин и некоторые другие сотрудники Ленинградского управления госбезопасности. В дальнейшем все они занимали в советской внешней разведке высокие руководящие посты.
Но едва Петр Николаевич начал глубоко вникать в дела разведки, как 9 сентября 1946 года последовал приказ о его освобождении от этой должности и переводе в резерв Управления кадров МГБ. Начальником разведки Кубаткин проработал менее трех месяцев.
Существует ряд версий неожиданного освобождения Кубаткина от занимаемой должности. Одна из них предполагает, что он сам подал рапорт о переводе на другую работу, не считая возможным возглавлять столь ответственный участок, поскольку не имел опыта зарубежной работы и не знал иностранных языков. С этой версией трудно согласиться прежде всего потому, что Кубаткин обладал немалым опытом организаторской работы и уже приступил к формированию коллектива высокопрофессиональных разведчиков. Кроме того, военный человек, генерал-лейтенант, награжденный орденами Ленина, Красного Знамени, Кутузова I и II степени, Трудового Красного Знамени, двумя орденами Красной Звезды, многими медалями, а также почетным нагрудным знаком «Заслуженный работник НКВД» не мог спасовать перед трудностями. Военные люди не обсуждают приказы начальников, а выполняют их.
Видимо, причина перехода на другую работу была вызвана другими обстоятельствами. И таились они, скорее всего, в сфере большой политики, поскольку в это время уже раскручивалось так называемое «ленинградское дело», подробности которого не подлежали огласке. Сфабрикованные ближайшим окружением Сталина обвинения против «участников этого дела» в попытке раскола партии, а также в шпионаже привели к жестокой расправе над ленинградскими руководителями.