Первоначально эти перемены не коснулись лично Петра Федотова, который по-прежнему возглавлял контрразведывательное управление, а в сентябре 1946 года стал во главе Первого главного управления МГБ СССР (внешней разведки). Однако в мае 1947 года структура советских органов госбезопасности подверглась очередной реорганизации. Как мы отмечали выше, по инициативе Молотова был создан централизованный аналитический центр по обработке информации, поступающей от внешнеполитической и военной разведок, получивший название Комитета информации (КИ). В него вошли Первое главное управление МГБ и ГРУ Генштаба Министерства обороны СССР. Руководителем Комитета информации при СМ СССР стал Молотов, а его заместителем – Федотов, который практически руководил работой всего КИ.
Выбор кандидатуры Петра Васильевича был продиктован не только тем, что в органах госбезопасности он считался одним из крупнейших аналитиков. Дело объяснялось еще и тем, что в послевоенное время во внешней разведке органов госбезопасности и Генштаба МО СССР произошел ряд провалов. В частности, в Канаде стал на путь измены шифровальщик военной резидентуры Гузенко, который выдал противнику ряд агентов не только военной, но и политической разведки. В США изменила помощница агента-групповода «Звука» Элизабет Бентли, выдавшая ФБР практически всю агентурную сеть советской нелегальной разведки в этой стране. Для ликвидации последствий этих провалов требовался новый, независимый человек, не связанный с органами разведки и имеющий опыт чекистской работы. Таким человеком, по мнению Сталина, и был Петр Федотов.
Являясь руководителем внешней разведки, он приложил немало усилий для реорганизации ее деятельности в условиях начавшейся холодной войны. В служебной характеристике на Федотова, датированной 1951 годом, отмечается, что он «приложил много усилий в деле укрепления заграничных разведаппаратов, в частности в деле подбора и пополнения их соответствующими работниками, а также по отработке практических задач по организации разведработы в каждой отдельной стране. Провел целый ряд мероприятий, направленных на укрепление центрального аппарата и улучшение его работы». За этими сухими строчками скрывается большая организационная работа Федотова по укреплению разведывательной работы за рубежом, прежде всего с нелегальных позиций, улучшение в целом информационной работы Комитета информации, когда от оперативного состава требовалось получение в первую очередь упреждающей документальной информации о планах и намерениях агрессивного блока НАТО в отношении СССР и всего социалистического лагеря.
В «Очерках истории российской внешней разведки» по этому поводу, в частности, подчеркивается:
«За время своего функционирования Комитет информации улучшил деятельность центрального аппарата разведки и резидентур, укрепил их опытными сотрудниками, подготовил разведывательные органы к работе в условиях послевоенной обстановки, в том числе и в новых районах мира, где до этого разведка еще не работала в полную силу.
На определенном этапе создание Комитета информации способствовало повышению эффективности деятельности разведки. Однако объединение разных ее ведомств в рамках одного органа, при всех преимуществах, затрудняло процесс управления работой столь специфичных по методам деятельности военной и внешнеполитической разведок. Уже в январе 1949 года правительство приняло решение о выведении из Комитета информации военной разведки. Она была возвращена в Министерство обороны. В январе 1951 года было принято решение об объединении внешней разведки и внешней контрразведки и создании за границей единых резидентур».
В ноябре 1951 года Комитет информации как разведывательный орган перестал существовать. Внешняя разведка вновь стала Первым главным управлением Министерства государственной безопасности СССР».
Итак, в конце 1951 года Комитет информации был упразднен, поскольку сама жизнь показала, что реорганизация внешней разведки с включением в нее военной разведки была несколько поспешной. В частности, Министерство обороны не могло обходиться без собственного автономного разведывательного органа, оперативно подчиненного непосредственно Генеральному штабу. Вывод военной разведки из КИ и ее переподчинение Генштабу поставили вопрос о самом существовании объединенной разведки.
С ликвидацией Комитета информации Федотов, являвшийся одним из заместителей его председателя, был выведен за штат и в течение года находился не у дел.