Нужно отметить еще и специальное училище ремесленное. Оно появилось в 1868 году, получило помещение бывшего ордонансгауза (Советская, 3). Здание тогда было еще одноэтажным и симметричным фасадом на главную улицу. Цель училища была двоякой: во-первых «дать возможность дарового приюта, образования и воспитания детям беднейших жителей граждан Оренбурга всех сословий», во-вторых «содействовать распространению ремесленных знаний в крае, чрезвычайно нуждающемся в предметах ремесленной промышленности». П. Н. Столпянский отмечает, что «главною целью при образовании ремесленного училища была филантропия», он считает это одной из- характерных черт Н. А. Крыжановского, последнего генерал-губернатора, который был инициатором открытия не только ремесленного училища, а «всегда искренне заботился ― конечно, насколько мог и насколько позволяли обстоятельства ― о низших мира сего».
В первые 10 лет в нем обучалось 137 учащихся, из них 55 окончили курс. Интересны сведения, собранные через некоторое время, о их дальнейших занятиях. Оказалось, что 24 состоят учителями в казачьих школах или работают в войсковых мастерских, 6 являются учителями сельских школ, 5 ― мастера в башкирском конном полку и линейных батальонах, 15 работают в различных мастерских.
Вскоре старое здание стало слишком тесным для училища. Но перестраивать его стали только в 1899 году, выхлопотав у министерства народного просвещения деньги. Пришлось раскошелиться и городу, так как расходы оказались, как бывало почти всегда, выше сметных. С северной стороны пристроили помещение на три окна по главному фасаду, надстроили второй этаж, окончив работу в 1900 году. В этом виде дом существует и сейчас.
Нельзя обойти и существование во второй половине века татарской учительской школы, открытой в помещении ликвидированной в 1868 году киргизской. Для нее и было перестроено старое здание пограничной комиссии, которое сохранилось до наших дней (Советская, 7). Татарская школа просуществовала до 1890 года, на ее место в тот же дом была переведена из Орска учительская киргизская школа. Половина ее воспитанников, ― отмечает П. Н. Столпянский, ― русские.
Кроме военных и гражданских, в Оренбурге были и духовные или только подчиненные духовному ведомству учебные заведения. В 1860 году открыли духовное училище, в 1884 году в только что законченном здании открылась семинария, а напротив, на той же площади без имени, с 1889 года начало работать женское епархиальное училище. Оба здания хорошо сохранились (ул. Челюскинцев).
Развитию научно-исследовательской работы в Оренбурге значительно способствовал основанный в 1861 году губернский статистический комитет. Большую работу вел Оренбургский отдел Русского географического общества, открытый в 1868 году. Особенно много сделала Ученая архивная комиссия, образованная в 1887 году, главным образом для разработки генерал-губернаторского архива, но деятельность которой вышла далеко за эти рамки. Комиссия помещалась в небольшом двухэтажном здании на самом берегу над Уралом, там, где теперь водоканал. Здесь же, несмотря на тесноту, отвели помещение для Историко-этнографического музея, созданного при архивной комиссии. Видную роль в ней играли историки
А. Н. Добросмыслов, С.Н. Севастьянов, П. Н. Столпянский, Ф. М. Стариков, И. М. Чернавский, И. С. Шукшинцев; археологи А. А. Аниховский, И. А. Кастанье, А. В. Попов, преподаватель А. П. Гра и другие. Комиссия издала 35 выпусков «Трудов». Отдел географического общества опубликовал 141 работу в 25 выпусках «Известий» и 4 выпусках «Записок». Лучшими исследованиями считаются работы геодезиста-картографа А. А. Тилло, метеоролога А. И. Оводова, геолога Д. Н. Соколова, историка А. Е. Алекторова. Один из председателей отдела РГО Л. М. Мейер в 1861―1862 годы руководил экспедицией Генштаба в «Киргизскую степь» и вел геологические исследования на реке Эмбе.