Суворов, так и не дождавшийся прихода на помощь австрийцев, не решается вступать в преследование и в сердцах шлет рапорт царю о вероломстве союзников.
В конце сентября русские отряды добиваются новых побед. 30 сентября русская армия занимает Рим. Немногочисленный российский отряд капитана 2-го ранга Г. Г. Белли принимает капитуляцию французского гарнизона, понимающего бессмысленность сопротивления. Восторженный Павел со словами: «Этот капитан хотел меня удивить, ну, так я удивлю его», награждает Белли орденом, предназначенным только для высших офицеров. Положение Ушакова абсолютно стабильное. Его десанты вступают в Мессину и Ливорно. На севере новый командующий, эстонский барон Эссен, перегруппировывает армию и наносит поражения французам под Алкмаром и Бевервейком, а некоторое время спустя занимает Бержен, за что получает Мальтийский крест и чин генерал-лейтенанта. Австрийская армия побеждает при Мангейме.
На Севере Европы англо-русские части, пытавшиеся развить преимущество и перейти в широкое наступление, все чаще терпят поражения. Северное наступление гаснет. На юге французский генерал Массена начинает теснить части эрцгерцога Карла. Опять паника в Австрии: открывается дорога на Вену!!!
Свежие части из России под командованием генерала Римского-Корсакова, шедшие на соединение с Суворовым, тут же брошены на подмогу частям эрцгерцога. А эрцгерцог Карл уже бежит, не дождавшись российских войск и не проинформировав их об этом. Римский-Корсаков пришел в назначенное место, под Цюрихом, но там не австрийцы, а французы. Российский корпус (26-27 тысяч человек) атакован внезапно, на марше. Корпус бешено сопротивляется, даже пытается контратаковать, но в двухдневной битве полностью разбит, множество солдат и офицеров попали в плен.
Это торжество французов до сих пор во Франции выдается за победу над самим Суворовым.
Но Суворов никакого отношения к этому не имеет...
Осенью 1799 года Суворов очистил Северную Италию от французов. По его мнению, пора было идти во Францию, на Париж: путь на Ниццу и Тулон свободен, дорога на Лион защищена слабо. Пора закончить войну, и закончить ее надо победоносно!
Но с точки зрения австрийцев, Суворову было больше нечего делать в Европе. Суворов сделал свое дело, разбил французов... Теперь Суворов может уйти, а во Францию австрийцы вполне могут двинуться и сами. Пусть непобедимый Суворов лучше поможет Австрии на другом направлении: заменит разбитого Римского-Корсакова.
Уже не до Франции! Суворов вынужден оставить занятые в Италии позиции австрийцам, а сам с 20 000-м отрядом, с боем начинает движение в Швейцарию, по маршруту, разработанному в австрийском штабе. В Италии Суворов с тяжелыми авангардными боями (командир авангарда Багратион) пересекает перевал Сен-Готард и переходит Чертов Мост (сейчас здесь высечен в скале православный крест и в честь 200-летия событий установлен памятник Суворову).
Здесь выясняется: в австрийском плане есть ошибка. Союзники врали, будто от Альтгарфа до Швица есть хорошая дорога... А там вообще не было дороги. Суворов шел через горный хребет по бездорожью с пушками и обозами. Пройдя 150 километров за 6 дней (по пересеченной местности, практически без дорог), Суворов явился в долину и в город Муттен.
Не совсем прав Константин Михайлович. И Римский-Корсаков не бежал сломя голову, и союзники ушли уже давно, предав для начала Римского-Корсакова. А затем и Суворова: горе-союзники не поставили ни обещанного продовольствия, ни полутора тысяч вьючных мулов. Австрийцы отошли, не дождавшись русских частей на марше, подставив их под пушки неприятеля. Армия попала в мешок. Без снабжения, без продовольствия, с ранеными и пленными на руках.
Суворов в своей жизни не проиграл ни одной битвы, и только он знает, какой ценой это было достигнуто. Он не проиграл и эту. Бросив обозы, пленных и оставив раненых «на милость французов» в городе Гларис, армия под командованием своего генералиссимуса осуществила знаменитый переход через Альпы. Преодолев ледник Прагель и перевал Панике (высота более 2,5 тысячи метров), остатки армии, числом только 6 тысяч человек вышли в долину Рейна и вдоль реки вышли в Вадуц (ныне столица Лихтенштейна).
После этого Суворов отказался продолжать кампанию. К императору ушли соответствующие рапорта от него, его генералов, русского представителя в австрийском штабе графа Толстого и эмоциональное письмо от царевича Константина, также участвовавшего в походе.
Павел I армию возвращает, но лично Суворовым очень недоволен.