Учреждения, которое занималось бы выработкой официальной военно-морской доктрины государства, разработкой долгосрочных судостроительных программ и оперативно-тактических заданий на строительство кораблей, стратегической и тактической подготовкой флота, в составе Морского ведомства, по существу, не было. Как и не было главного морского штаба, вырабатывающего доктрину использования флота, его оперативного управления, управляющего кораблями и флотами в реальном времени.
Под давлением общественного мнения Император, как верховный главнокомандующий армии и флота России после Цусимского поражения в русско-японской войне вынужден был принять ряд мер по реорганизации управления флотом. Первыми шагами в этом направлении была отставка главы Морского ведомства великого князя Алексеева – а как же виноват в поражении, вторым шагом стало упразднение должности генерал-адмирала и замена ее должностью морского министра. С этого времени Морское ведомство переименовали в Морское министерство, первым морским министром стал вице-адмирал А. А. Бирилев.
В апреле 1906 г. была проведена вторая крупнейшая реформа – учреждение Морского генерального штаба (МГШ) во главе с капитаном 1 ранга Брусиловым. С подачи лейтенанта Щеглова, сумевшего доказать необходимость этого ведомства. Планировалось вообще без морского министра прямое подчинение Генерального морского штаба Императору, как армии. Но … решение было такое.
В состав Морского ведомства теперь вошли Адмиралтейств-совет, Главный морской штаб (ГМШ) с 1906 года, Главное управление кораблестроения и снабжения флота (ГУКиС), Морской технический комитет (МТК).
Созданный МГШ тщательно обследовал состояние флота, всех оставшихся кораблей и пришел к твердому убеждению, что он не только не может оказать сколько-нибудь серьезного сопротивления флоту противника в открытом море, но даже не в состоянии оборонять русские морские границы. Особое беспокойство вызывало состояние минного флота.
Побережья Прибалтики и подступы к Петербургу были фактически без защиты. Все это заставило царское правительство спешно приступить к разработке программ восстановления, прежде всего разгромленного во время русско-японской войны Балтийского флота России.
2 октября 1906 г. начальник МГШ капитан 1 ранга Л. А. Брусилов представил Николаю II доклад, в котором были сформулированы основные ближайшие задачи развития морских вооруженных сил. Они сводились к упорядочению наличных морских сил и средств. Предполагалось в течение четырех-пяти лет создать на Балтийском и Черном морях флот, способный противостоять германскому и турецкому флотам при оборонительной войне. Основу оборонительных морских сил должны были составить миноносцы. Да и строить миноносцы было гораздо дешевле, чем строить броненосцы. Такова была отправная идея VUI при разработке первой судостроительной программы восстановления русского флота.
В апреле 1907 г. МГШ представил четыре варианта этой программы, последнюю из которых – так называемую Малую судостроительную программу – Николай II одобрил. На докладе морского министра он начертал: «Дай бог, нам выполнить в точности Малую судостроительную программу? А не замахиваться пока на большее. Средств нет».
Большую помощь МГШ оказал премьер-министр России Столыпин Петр Аркадьевич, который понимал необходимость сильного флота в стране, которая имеет значительные морские границы. Он выступил на заседании думы, где обсуждалолсь выделение денег на строительство кораблей: