Мадзини подал сигнал к восстанию в Милане, попытка мятежа привела лишь к очередным репрессиям. Неудачи не останавливают Мадзини. Он создал революционную "Партию действия", которая должна была повести за собой массы. Гарибальди же открыто заявляет, что не одобряет эти обреченные на провал попытки к восстанию. В одном из писем к другу Дж. Кунео он объяснял свою временную пассивность: "Если я не рискую собой, то только потому, что не вижу никакой надежды на успех". Гарибальди при всей своей смелости и любви к риску, по сравнению с Мадзини и другими радикально настроенными республиканцами, оказался самым умеренным, самым трезвым. Лучше понимая политическую ситуацию, не склонный ни к трусости, ни к расчету, он решил переждать временный революционный спад, не отказываясь от своих идей и целей. В 1855 г. Гарибальди вернулся из изгнания на родину.
Уже в 1858 г. в Италии начался новый подъем национально-освободительного движения. По-прежнему было популярным стремление к войне против Австрии. Кавур, возглавивший с 1852 г. пьемонтское правительство, готовил почву для предстоящей войны за объединение Италии. В 1858 г. с этой целью был заключен тайный союз с Наполеоном III, императором Франции, по которому Франция обещала свою поддержку Италии в обмен на Ниццу и Савойю. Пьемонтское правительство стремилось одновременно привлечь на свою сторону и либерально настроенную интеллигенцию, и республиканцев. Для этих целей блестяще подходил Гарибальди, прославленный народный герой, пользующийся широкой популярностью в Италии. Кавур пригласил Гарибальди к себе и предложил ему вербовать волонтерские отряды для участия в предстоящих военных действиях. Гарибальди было поручено командование корпусом альпийских стрелков из 3 тыс. человек. Гарибальдийцам не хватало ни хорошего оружия, ни провианта, но они под предводительством прославленного командира проявляли чудеса храбрости. Позднее он скажет: "В Пьемонте в начале 1859 года меня подняли как знамя". Действительно, пьемонтскому правительству во главе с Кавуром удалось подчинить Гарибальди своей стратегии. Несмотря на ряд одержанных побед, 11 июля 1859 г. в Виллафранке пришлось заключить перемирие с Австрией.
В результате этой войны Милан и Ломбардия стали итальянскими, но об объединении всей Италии говорить было еще рано. Согласно секретному договору, к Франции отошли Савойя и Ницца – родной город Гарибальди. Последний же подал в отставку с поста генерала пьемонтской армии и вернулся на небольшой остров Капреру, у северного побережья Сардинии, часть которого он купил еще в 1855 г., получив наследство скончавшегося брата Феличе и присовокупив к нему собственные небольшие средства, и создал там небольшое поместье. Со временем весь остров стал его владением.
Но в 1860 г. начались народные волнения на юге Италии. Сначала национальный подъем охватил Сицилию, потом все Неаполитанское королевство. Гарибальди реагировал на происходящие там события следующим образом: "Я не советовал сейчас поднимать восстание, но если сицилианцы взялись за оружие, это святой долг каждого помочь им в деле освобождения". После некоторого колебания он согласился возглавить экспедицию в Южную Италию, которая впоследствии стала известной как поход гарибальдийской "Тысячи" и сыграла важную роль в объединении Италии. Экспедиция эта проводилась под лозунгом "Италия и Виктор Эммануил". К этому времени в Пьемонте правил Виктор Эммануил II, ставший королем в 1849 г. после отречения отца Карла Альберта. Перед отправлением Гарибальди послал ему письмо, в котором решительно предстал в роли подданного, осмелившегося ослушаться лишь потому, что он хочет лучше служить своему государю и родине. В ночь с 5 на 6 мая 1860 г. два парохода с добровольцами, возглавляемыми Гарибальди, вышли из Генуэзского залива и направились к берегам Сицилии. Премьер-министр Кавур в отпет на запрос английского правительства так сформулировал свою позицию в отношении похода Гарибальди: "Правительство короля сожалеет об этом предприятии: оно не может ему помешать, но и не помогает ему; оно не может также с ним бороться".
Поход Гарибальди был успешным и привел к освобождению Юга Италии от власти Бурбонов. На время Гарибальди стал диктатором Сицилии, в его руках оказалось собственное государство, в котором он пытался провести ряд преобразований: освободил политических заключенных, принялся за организацию школ и приютов, раздал часть государственных земель крестьянам. Порой народный вождь действовал слишком прямолинейно, нередко проявлял наивность. В Сицилии вокруг него плели сети интриг агенты Кавура, строили козни бонапартистские шпионы. Гарибальди не спешил передавать Сицилию Виктору Эммануилу II и вот как объяснял свои действия: