13—15 мая 1999 года Государственная Дума рассматривала вопрос об импичменте Б.Н. Ельцина. Было сформулировано пять пунктов обвинения. По итогам голосования ни один из пяти пунктов обвинения не получил 300 депутатских голосов, необходимых для продолжения процедуры отрешения президента от должности. Процедура импичмента не состоялась — не хватило голосов фракции ЛДПР. Президент был готов к роспуску Думы, он не отдал бы власть депутатам. В результате действий вошедших в раж коммунистов грядущие выборы в Государственную думу 1999 года и выборы президента 2000 года были бы безусловно отменены и страна могла втянуться в затяжной гражданский конфликт, который мог закончиться непредсказуемыми последствиями. Не слишком ли много для страны — многократные смены правительства, финансово-экономический кризис, сложное международное положение с многомиллиардными долгами Западу, да еще и импичмент?
В. Жириновский выступил на пленарном заседании Государственной Думы. Процитировав знаменитое высказывание шефа ЦРУ США А. Даллеса «о трагедии гибели самого непокорного на земле народа», лидер ЛДПР обратился к коммунистам — организаторам импичмента: «Вам же специально сделали тупик, чтобы вы инициировали импичмент, за которым последует разгон Думы. Вот вы и мучаетесь. Вам специально все сделали. Специально!»
Позднее В.В. Жириновский писал: «Мы прекрасно отдавали себе отчет, что голосовать против импичмента или не принимать в нем участия с точки зрения злободневной политики очень невыгодно и опасно. Мы же понимаем, как настроена большая часть общества против Ельцина. Но мы руководствовались высшими интересами страны, а не злобой дня».
В Государственной думе второго созыва В.В. Жириновский выступал 786 раз, что составило почти половину от числа выступлений в Думе, вместе взятых, руководителей всех других фракций.
В 1998 году В.В. Жириновский стал доктором философских наук, защитив в Московском государственном университете диссертацию на тему «Прошлое, настоящее и будущее русской нации».
В 1998–1999 годах фракция ЛДПР разработала и внесла на рассмотрение Государственной Думы законопроекты: «О защите русского народа», «О защите русского языка», «Об укреплении органов безопасности Российской Федерации», «Об общей амнистии», «Об экономической амнистии», «О государственной монополии на производство алкоголя», «О государственной монополии на производство сахара», «О государственной монополии на производство табачных изделий», «О внесении дополнений в Уголовный кодекс РФ», «Об ответственности за нецелевое использование бюджетных средств», «О придании православию статуса государственной религии» и многие другие.
Накал страстей в Думе был очень высок. Лидера ЛДПР несколько раз лишали слова. Пресса писала: «17 сентября 1999 года Жириновский был лишен права выступления на месяц. За это проголосовало 287 депутатов. Парламентарии хотели разобраться, отправляют ли в Дагестан призывников насильно или на добровольной основе. Жириновский отреагировал резко: «У нас нет других солдат, чтобы защищать страну!» Слово взял депутат А. Лотарев: «Вот такой горе-полковник Владимир Жириновский — враг номер один нашей армии. Таких полковников к стене надо ставить, а не защищать таких подонков» (!? —
Возникла перепалка, во время которой Лотарев схватил папку своего коллеги по «Российским регионам» Николая Столярова и швырнул ею в Жириновского. Вырывая папку, Столяров ударил ею Жириновского по лицу. Спикер Госдумы Геннадий Селезнев предложил лишить слова обоих: Лотарева и Жириновского, но депутаты проголосовали за эту санкцию только в отношении лидера ЛДПР. Жириновский (на этот раз, пожалуй, справедливо) продолжил возмущаться. Тогда, по предложению вицеспикера Госдумы от КПРФ Светланы Горячевой, он был лишен права на выступления в течение месяца. После этого фракция ЛДПР стала бойкотировать заседания Думы, всецело посвятив себя предстоящим выборам».
В ноябре 1999 года СМИ вновь так писали о неистовом Жириновском: «31 октября в передаче Евгения Киселева «Глас народа» В. Жириновский вел дебаты с Борисом Немцовым. Дебаты проходили настолько бурно, что даже Киселев, забыв о своей роли ведущего, целиком подыгрывал капитулирующему Немцову. В конце передачи Владимир Вольфович достал пистолет и предложил Немцову застрелиться».
9 августа Борис Ельцин отправил в отставку правительство Сергея Степашина. Председателем правительства стал Владимир Путин. Президент России подписал указ о проведении 19 декабря 1999 года выборов в Государственную думу третьего созыва. Перед утверждением в Государственной думе новый премьер-министр провел беседы со всеми фракциями Государственной думы. Депутаты фракции ЛДПР поддержали кандидатуру В.В. Путина на пост главы правительства — «с новым главой правительства связывались надежды на то, что он, в случае избрания президентом страны, изменит политический курс в национальных интересах России».
На встрече с фракцией ЛДПР В.В. Путин сказал: «Я начал с чего? Я сказал, что главная задача — это сохранение единого государства».