Весной 1948 года летчики НИИ ВВС И. М. Дзюба и В. Г. Иванов провели государственные испытания Як-11 с прицелом АСП-1Н и фотопулеметом С-13, которыми комплектовались в те годы истребители. В отличие от предыдущих фотопулеметов, С-13 устанавливался на козырьке фонаря кабины летчиков. Потребность в Як-11 была столь велика, что, начиная со следующего года, его изготовление освоил и ленинградский завод № 272. В процессе серийного производства самолетов Як-11 в его конструкцию, оборудование и вооружение постоянно вносились изменения. В частности, заменили деревянную опалубку фюзеляжа и фонаря кабин летчиков металлической и изменили расположение отдельных стержней фермы крепления пулемета. В 1950 году летчик Г. Т. Береговой испытал прицел АСП-3Н, впоследствии заменивший коллиматорный ПБП-1А на машине, построенной в Ленинграде, и на ней же провели контрольные испытания. В состав оборудования самолета входили также радиополукомпас с отметчиком РПКО-10 и истребительная радиостанция РСИ-6К, устанавливавшиеся на новых боевых машинах, переговорное устройство СПУ-3М.
Эти и предыдущие доработки в полном объеме реализовали на машинах, начиная с 24-й серии в 1951 году. Тогда же на Як-11 установили электрический комбинированный авиагоризонт АГК-47Б со шкалой кренов вместо пикирующего авиагоризонта АГП-2 и указателя поворота УП с вакуумным насосом АК-4С (прекратили устанавливать с машины № 01209). На козырьке фонаря курсанта разместили фотопулемет С-13 вместо крыльевых ПАУ-22. За кабиной летчиков расположили аэрофотоаппарат АФА-ИМ. С самолета № 58201 изменили топливную систему, теперь она позволяла полностью вырабатывать горючее. Использование бортовых аэронавигационных огней БАНО-45 и нового пилотажно-навигационного оборудования на Як-11 позволяло выполнять учебно-тренировочные полеты днем и ночью. Установка стабилизатора под углом плюс 1 градус повысила запас продольной устойчивости машины. Были и другие изменения, направленные на упрощение обслуживания самолета и повышение качества подготовки будущих летчиков.
В 1950 году летчик Болтоносов под руководством ведущего инженера Вершинина провел серийные испытания Як-11 с лебедкой для буксировки конусов, предназначенных для учебной стрельбы по воздушным целям. Испытания подтвердили летно-технические и пилотажные характеристики. В частности, самолет входил в штопор на скоростях 160–165 км/ч и выходил из него без запаздывания после дачи рулей на вывод, что немаловажно для учебной машины. Серийные самолеты 292-го завода потяжелели почти на 30 кг, и испытания показали, что Як-11 Ленинградского завода был легче примерно на 20 кг и полностью соответствовал техническим условиям. В то же время он имел чуть меньшие горизонтальную и вертикальную скорости, что, впрочем, находилось в пределах точности выдерживания заданных летных параметров, а также их регистрации и расшифровки. Як-11 со снятым вооружением эксплуатировались и в ДОСААФ.
Следует отметить, что совокупность прицела и фотопулемета позволяла отрабатывать элементы воздушного боя и без пулеметов, что упрощало процесс обучения и повышало безопасность полетов. В активе Як-11 числится пять мировых рекордов, зарегистрированных ФАИ в классе С-1d (полетный вес от 1750 до 3000 кг). Первый из них установил летчик Я. Д. Форостенко, показав 28 августа 1950 года на дистанции 500 км среднюю скорость 441,176 км/ч. Год спустя он довел этот показатель до 471,348 км/ч. В 1951 и 1953 годах летчики Н. М. Голованов и П. И. Захудалин установили рекорды скорости 442,289 км/ч и 360,032 км/ч на дистанциях 1000 и 2000 км соответственно.
Последнее рекордное достижение зарегистрировано в сентябре 1954 года, когда летчик И. С. Чернов пролетел по прямой 1990,183 км.
Як-11 довелось участвовать и в «боевых» действиях. В ГДР он использовался для борьбы с агитационными аэростатами, запускавшимися с территории «дружественной» страны. По некоторым данным, во время войны в Корее Як-11 применялся в качестве ночного штурмовика, вооруженного как бомбами, так и реактивными снарядами.