В биографии Ил-62 случались и летные происшествия. Так, весной 1987 года Ил-62М польской авиакомпании «ЛОТ» совершал полет за рубеж, вылетев из Варшавы. Примерно через час полета разрушился один из двигателей, и командир принял решение вернуться назад. По пути следования находились два аэродрома, готовые принять авиалайнер, но командир упрямо следовал в столицу. Когда, наконец, добрались до родного аэропорта и стали заходить на посадку, пилот неожиданно вспомнил, что на этой полосе разбился его друг и она несчастливая. Самолет ушел на второй круг, ставший роковым…
Видимо, фрагменты разрушившегося двигателя пробили хвостовой отсек фюзеляжа и тлели в окружении чемоданов, и при повторном заходе уже на «счастливую» полосу самолет загорелся и рухнул на землю…
7 января 1999 года почти весь полет Ил-62М по маршруту Таиланд – Иркутск, завершившийся благополучно с посадкой в Иркутске, прошел на трех двигателях.
23 декабря 2003 года в аэропорту Хабаровска вскоре после взлета приземлился Ил-62М авиакомпании «Домодедовские авиалинии», который должен был следовать в Москву. Как выяснилось, на самолете отказал механизм перестановки стабилизатора, оставшегося во взлетном положении. Перед посадкой пришлось аварийно слить топливо.
В аэропорту Домодедово 29 марта 2006 года в 21 час 51 минуту Ил-62М ливийской авиакомпании Jet Line, совершавший рейс по маршруту Триполи – Москва, при приземлении выехал за пределы посадочной полосы на 400 м. В результате контакта с неровной поверхностью самолет развернуло, он накренился и завалился на бок, получив значительные повреждения. К счастью, пожара на борту самолета не возникло. Все члены экипажа – шесть человек – живы, пассажиров на борту воздушного судна не было.
18 июня 2007 года при посадке в Хабаровске самолета Ил-62М авиакомпании «Домодедовские авиалинии», следовавшего из Москвы, от попадания молнии разрушились обтекатель и антенна метеорадиолокатора. Посадка прошла благополучно. Как заявили пилоты авиалайнера, экипаж услышал резкий хлопок и шум, сбоев в работе оборудования не было, но уже на земле обнаружили, что двигатели были забиты обломками разрушившегося обтекателя.
В 2007 году на авиационном заводе в Казани (КАПО им. Горбунова) был создан грузовой вариант самолета, получивший обозначение Ил-62МГр.
Самолет оснащен большой грузовой дверью и усиленным полом с рольгангами. При этом максимальный взлетный вес самолета увеличили до 170 тонн, а дальность полета с коммерческой нагрузкой 40 тонн составляет около 6000 км.