В соответствии с законом Контрольного Совета, являвшимся нормой международного права, Клейсту и Шернеру было предъявлено обвинение в активном участии в подготовке и ведении агрессивной войны против СССР, то есть в преступлении против мира, а также в том, что с их ведома и по их приказу вверенные им войска чинили на временно оккупированной территории Советского Союза зверства и насилия над мирным гражданским населением, совершали массовые разрушения и жестоко расправлялись с населением под видом борьбы с партизанами. Эти действия признаны законом Контрольного Совета преступлениями против обычаев войны и против человечности.
Подчиненные Шернеру войска и карательные органы на временно оккупированной территории Советской Эстонии, Латвии, Украины, Молдавии и Крыма истребили большое число мирных граждан, произвели массовые разрушения промышленных предприятий, уничтожили материальные и культурные ценности, занимались грабежом, отбирали скот и продовольствие, угоняли мирное население в Германию и совершили множество других злодеяний. Только в Эстонии немецко-фашистские захватчики, в том числе и войска Шернера, расстреляли и замучили около 30 тысяч советских граждан, полностью уничтожили предприятия сланцевой и металлообрабатывающей промышленности, сожгли и разрушили 9200 домов, отобрали у крестьян и вывезли в Германию 107 тысяч лошадей.
Точно так же «осваивали» временно оккупированную территорию и войска Клейста. Установлено, что только в Краснодарском крае в период оккупации было истреблено более 61 тысячи граждан, уничтожено более 63 тысяч промышленных и хозяйственных зданий и сооружений, изъято у колхозов и отдельных граждан более пяти миллионов центнеров зерна и муки, более 300 тысяч голов крупного рогатого скота, столько же свиней и лошадей. Было уничтожено около миллиона гектаров посевов, взорвано и разрушено 1334 школы, 368 театров и клубов, 377 лечебных учреждений.
В материалах процесса имеется много актов государственных комиссий, расследовавших злодеяния гитлеровцев. Многие преступные акции засвидетельствованы очевидцами из числа советских граждан или захваченных в плен немецких солдат и офицеров. Может быть, в иных из этих доказательств и не было особой нужды. В 1952 году, когда судили Клейста и Шернера, миру хорошо уже были известны трагические картины гитлеровского оккупационного режима. Однако следственные органы и суд не ограничились ссылками на общепризнанные исторические факты. Тщательно проследили они кровавый путь полчищ Шернера и Клейста по советской земле.
Вновь ожили в судебном зале ужасы минувшей войны. Оглашается Акт государственной комиссии о злодеяниях немецко-фашистских захватчиков в городе Риге. Они глумились над Ригой — национальной святыней латышского народа и старались уничтожить все, что связано с народными традициями. Были снесены целые кварталы Старой Риги, бережно сохранявшиеся с XV века, разграблены и разрушены национальные музеи и библиотеки, многие здания были заминированы при отступлении немецких войск. В Риге гитлеровские палачи уничтожили более 170 тысяч жителей. Большая доля вины за это ложится на Шернера, с лета 1944 года командовавшего войсками в Прибалтике. Именно в этот период, в августе 1944 года, в Дрейлинском лесу под Ригой гитлеровцы производили массовые расстрелы мужчин, женщин и детей. Очевидцы рассказывают, что сюда ежедневно прибывало по 150–180 автомашин с обреченными. Для ускорения «акции» профессиональные убийцы устроили своеобразный «конвейер»: первая группа гитлеровцев сбрасывала жертвы с машин на землю, вторая оглушала их ударами дубинок по голове, третья раздевала, четвертая стаскивала к костру, а пятая пристреливала и сжигала.
Ремеслу палача Шернер обучался с первых же своих шагов по советской земле. В декабре 1941 года вблизи маленькой деревушки Дилихамари на Мурманском фронте было расстреляно около 160 советских военнопленных. Вот что рассказал на суде военнослужащий гитлеровской армии Гинш, руководивший одной из трех групп солдат, производивших расстрел:
— Приказ о расстреле советских военнопленных мы получили в штабе лично от генерала Шернера. Было приказано подготовить заранее место расстрела, вырыть ямы и расставить оцепление. Шернер распорядился стрелять в грудь, а оставшихся в живых пристреливать выстрелом в голову. Во время расстрела Шернер с группой офицеров находился позади команд, производивших расстрел.
В суде Шернер упрямо твердил, будто всего этого не было, что ему ничего не известно о злодеяниях его подчиненных. Но его разоблачили новые доказательства, предъявленные судом. Он, несомненно, жалел о сделанном им в 1947 году признании, что питал к русским звериную ненависть.