Сразу же после ареста Степан Шаумян составил на имя Диктатуры Центрокаспия радиограмму, в которой просил разъяснить местным властям, что они из Баку выехали по распоряжению Диктатуры, требовал, чтобы их вывезли если не в Астрахань, то в Петровск. Эта радиограмма не была отправлена по назначению.
По личному распоряжению Фунтикова был сформирован экстренный поезд. На него погрузили водку и продукты. 19 сентября Тиг-Джонс, Фунтиков и сопровождавшие их лица прибыли в Красноводск. Красноводский «правительственный» распорядительный комитет и английское командование устроили секретное совещание, на котором были обговорены все детали казни бакинских комиссаров.
Приближалась трагическая развязка. Измученные жарой, жаждой и голодом узники лежали на полу, на нарах. В первом часу ночи 20 сентября открылись двери и появились заметно подвыпившие палачи: Курылев, Кун, Алания, Седых, Седов, Худоложкин, Егоров, Яковлев.
Колодко — помощник начальника Красноводской милиции Алания — стал выкрикивать фамилии. Были названы именно те лица, которые значились в списке, изъятом при обыске у Корганова, а также Татевос Амиров.
Молча, спокойно, один за другим вышли из камеры комиссары. Словно зная, что уходит навсегда, простился с двумя несовершеннолетними сыновьями Степан Шаумян. Фиолетов, проходя мимо женской камеры, крикнул своей жене: «Не беспокойся, Оля, я сумею умереть спокойно!»
Их посадили в вагон экстренного поезда, который направился в сторону Ашхабада. Шел он с потушенными сигнальными огнями, без кондукторской бригады. Палачам свидетели были не нужны.
Когда поезд подходил к глухому перегону на 207-й версте между станциями Перевал и Ахча-Куйма, в Ашхабаде набирался и печатался номер газеты «Голос Средней Азии» от 20 сентября 1918 года, в котором была помещена беспримерная по своей наглости и лакейской угодливости статья, где говорилось, между прочим, следующее:
«Судьба нам снова улыбнулась. К нам в руки попали бывшие вершители судеб Баку... Среди них находится один из самых знаменитых героев Шаумян, которого давно окрестили кавказским Лениным, и Петров — кандидат в Вацетисы. Они сеяли ядовитые семена недоверия к нашим союзникам — англичанам, благородно отозвавшимся на зов бакинцев о спасении. Они все твердили, что рядом с английскими империалистами сражаться честным революционерам позор... Они в наших руках... Мы живем в эпоху варварства. Так будем пользоваться его законами. Мы не остановимся даже перед причинением ужасных мук, до голодной смерти и четвертования включительно».
На рассвете 20 сентября поезд остановился на 207-й версте между телеграфными столбами № 118 и № 119. Вокруг простирались серовато-блеклые песчаные холмы. Никаких признаков жизни. Редкие кусты саксаула делали местность еще более унылой и однообразной.
Вагон с арестованными сразу же был окружен вооруженными людьми. Из вагона вывели первую группу обреченных. Они еще не знали, куда их ведут, некоторые взяли с собой вещи. Отвели их от линии железной дороги метров на 60–70 и у ребра песчаного перевала расстреляли. Затем вывели вторую группу. Эти уже вышли без вещей, они знали, что их ждет. Умерли все достойно.
Комиссары погибли в расцвете сил, совсем еще молодыми. Шаумяну не было сорока лет, Мешади Азизбекову — сорок два, Петрову исполнилось двадцать четыре, Везирову — тридцать два года. Среди погибших были представители восьми национальностей.
Впоследствии, в 1920 году, группа рабочих во главе с председателем Казанджикского комитета партии Кузнецовым произвела раскопку четырех могил, в которых покоились останки двадцати шести комиссаров. Им открылась страшная картина. Черепа многих трупов были размозжены, головы отделены от туловищ и лежали в ногах. Все это свидетельствовало о том, что комиссаров не только расстреливали, но и рубили шашками, отрубали им головы.
Так, по указке английского командования, по злодейскому плану, разработанному эсеровскими наймитами совместно с их хозяевами, от рук палачей погибли лучшие сыны азербайджанского пролетариата.