Между тем, начальники, которые формулировали и защищали русскую позицию, не были информированы на элементарном уровне. Когда в 1907 г. к делу привлекли командира "Орла" капитана 2 ранга Лахматова, от него узнали, что на корабле вообще не было радиотелеграфной станции. Русские оказались в курьезном положении. Можно себе представить, как стыдно себя чувствовали наши дипломаты перед французами, защищавшими интересы России в контактах с японцами. В случившемся видна слабая подготовка русских к борьбе с противником в информационной сфере. Японцы же выглядят "мастерами" информационной борьбы, использовавшими заведомую ложь. Вместе с тем, тут просматривается отсутствие у японцев действительных фактов, которыми можно было бы подкрепить хилое основание, которое они использовали при захвате "Орла".
С получением первых сообщений о захвате госпитальных судов "Орел" и "Кострома" в Петербурге начали следить за ходом событий и вырабатывать позицию России в этом вопросе. Положение значительно прояснилось после освобождения из японского плена "Костромы" и личного состава "Орла". Первым выработало позицию морское министерство. 11 июня 1905 г. управляющий морским министерством адмирал Ф.К Авелан направил министру иностранных дел графу В.Н. Ламздорфу письмо, в котором сообщал: "Захват японцами госпитального судна "Орел" представляет вопиющее нарушение международного права. Пароход "Орел" был снаряжен согласно 2-й, 3-й статьям Г аагской конвенции <... > и приспособлен исключительно для госпитальной службы. На основании вышеупомянутой конвенции пароход "Орел" безусловно изъят от захвата и конфискации и должен пользоваться неприкосновенностью <...>.
Японцы захватили означенный пароход и в настоящее время <... > дело об "Орле" будет рассматриваться в японском призовом суде <...>. С юридической точки зрения, дело о захвате госпитального суда не подлежит призовому разбирательству".
Министр иностранных дел признал дело о захвате "Орла" дипломатическим и взял его под свое попечение. На письме министр наложил резолюцию о составлении телеграммы послу в Париже Нелидову "с указанием изложенных вполне справедливых доводов". По-видимому, при составлении телеграммы возникли противоречия относительно "вполне справедливых доводов", работа затянулась. Была создана особая комиссия с участием представителей МИД, морского министерства и Российского общества Красного Креста. 28 июня комиссия приняла заключение, в котором дала свое толкование положений Гаагской конвенции и признала необходимым протестовать перед японским правительством по поводу передачи дела в призовой суд. Согласно выводам особой комиссии, министр послал российскому послу в Париже телеграмму, выдержку из которой по публикации в газете "Кронштадтский вестник" представляем читателям.
"На основании Гаагской конвенции для госпитальных судов создано совершенно особое юридическое положение <...>. Таковые суда хотя и входят в состав неприятельской эскадры, но признаются, ввиду их гуманитарной цели, неприкосновенными для воюющих, при условии неучастия их в военных действиях. В случае нарушения этого условия, госпитальное судно теряет, конечно, привилегию неприкосновенности и может быть рассматриваемо лишь как вспомогательный по отношению к эскадре крейсер, то есть подвергать себя риску военных действий и военному плену, как всякие другие военные суда, вопрос о захвате коих, конечно, не может подлежать призовому суду, имеющему совершенно особую компетенцию по задержанию частных судов или грузов <... > "Орел" мог бы быть конфискован японским правительством лишь в административном порядке по предъявлению нам ясных доказательств нарушений судном лежащих на нем обязательств согласно Гаагской конвенции 1899 года".
Сравнение двух документов, исходящих от глав министерств морского и иностранных дел, показывает на совпадение их позиций в вопросе о передаче дела о захвате "Орла" в призовой суд. Оба министра считают этот шаг японского правительства принципиально неверным и противоречащим международному праву.
В то же время позиции министров в вопросе о захвате госпитальных судов существенно различаются. Адмирал Авелан исходил из того, что "Орел" безусловно изъят от захвата и не видит условий, при которых японцы могли его осуществить. Граф Ламсдорф принцип неприкосновенности госпитальных судов оговаривает условием неучастия их в военных действиях. В случае нарушения этого условия госпитальное судно теряет неприкосновенность и подвергает себя риску военных действий (обстрелу, торпедной атаке и др.) и военному плену.