После «унии» с УАПЦ де-факто Филарет возглавил украинский церковный раскол, так как формальный «патриарх» Мстислав практически постоянно пребывал в США и в события на Украине не вмешивался. Между тем раскольники не бездействовали. При попустительстве властей и активном содействии боевиков различных националистических организаций по всей Украине филаретовцы захватывали храмы и епархиальные управления. Восемнадцатого июня 1992 года сотня членов нацистской организации УНА-УНСО, вооруженных обрезками труб, монтировками и дубинками по благословению Филарета начала штурм Киево-Печерской лавры. Дмитрий Корчинский, возглавлявший это нападение, в своей книге «Война в толпе» вспоминает: «… наибольшее количество парафий в Украине имела Российская православная церковь. Долгие годы здесь хозяйничал Митрополит Киевский и Галицкий Филарет. Он построил роскошную резиденцию на Пушкинской улице в Киеве и правил железной рукой, чем, безусловно, вызвал искреннюю… ненависть всего клира. В конце восьмидесятых он едва не стал Московским патриархом, но вместо него выбрали Алексия… Тогда Филарет понял, что спасение в сепаратизме. Его враги, а ими были
все епископы, собрали Харьковский собор украинских парафий. Филарета лишили сана, а позже расстригли. Но он решил побороться. Он все еще удерживал за собою резиденцию и кафедральный Владимирский собор, когда решился обратиться ко мне. Я выставил охрану возле Собора, чтобы избежать его внезапного захвата врагами.