В 1949 году была раскрыта так называемая «ленинградская мафия». Заняв ключевые посты в структуре органов власти, выходцы из Ленинграда тянули за собой знакомых, сослуживцев и земляков. Первый секретарь Ленинградского обкома и горкома ВКП(б) Пётр Сергеевич Попков признался, что «неоднократно говорил — причем говорил здесь, в Ленинграде… говорил это и в приемной, когда был в ЦК… о РКП… Я заявил, что, когда создадут ЦК РКП, тогда у русского народа будут партийные защитники». Это именно та идея, на которую 40 лет спустя купилась вся страна: сначала создание компартии РСФСР, потом появление президента РСФСР — а далее перехват управления у союзных структур и развал Союза.
Но для того чтобы облегчить этот перехват, необходимо было создать в стране экономический хаос, посеять недовольство и панику среди населения. В условиях плановой экономики это проще всего сделать через Госплан, возглавляемый «ленинградцем» Вознесенским. И когда начали проверку Госплана, там вскрылись такие приписки и перекосы, что волосы у проверяющих встали дыбом. Но самое главное, что там обнаружились факты прямого шпионажа в пользу США и Англии.
За пять лет, с 1944 по 1948 год, в ведомстве Вознесенского пропало 236 секретных документов, среди которых несколько государственных планов восстановления и развития народного хозяйства, сведения об объемах перевозок нефти и об организации производства радиолокационных станций. Летом 1949 года МГБ СССР получило информацию, что второй секретарь Ленинградского обкома ВКП(б) Яков Фёдорович Капустин является агентом английской разведки СИС. Находясь в 1935–1936 годах на стажировке в Англии, он вступил в интимную связь с англичанкой-переводчицей. Их застал разъяренный муж, но, судя по всему, это была классическая «медовая ловушка» — в просторечии «подстава». 23 июля 1949 года Капустин был арестован по обвинению в шпионаже в пользу Англии, а 4 августа он подтвердил, что в Ленинграде сложилась антисоветская, антипартийная группа во главе с Вознесенским и Кузнецовым, который по линии ЦК курировал работу органов госбезопасности. В нее входили также председатель Совета Министров РСФСР Родионов, первый секретарь Ленинградского обкома и горкома партии Попков, второй секретарь Ленинградского обкома и горкома партии Турко, председатель Ленгорисполкома Лазутин, заведующая орготделом Ленинградского обкома партии Закржевская, секретарь Крымского обкома Соловьев и другие сторонники «славянской чистоты» в рядах коммунистов.
29 сентября 1950 года в помещении окружного Дома офицеров на Литейном проспекте открылась выездная сессия Военной коллегии Верховного суда СССР. Глубокой ночью 1 октября в 0 часов 59 минут суд приступил к оглашению приговора. С председательского кресла поднялся заместитель председателя Военной коллегии Верховного суда СССР генерал-майор юстиции Иван Осипович Матулевич: «…Кузнецов, Попков, Вознесенский, Капустин, Лазутин, Родионов, Турко, Закржевская, Михеев признаны виновными в том, что, объединившись в 1938 году в антисоветскую группу, проводили подрывную деятельность в партии, направленную на отрыв Ленинградской партийной организации от ЦК ВКП(б) с целью превратить ее в опору для борьбы с партией и ее ЦК… Для этого пытались возбуждать недовольство среди коммунистов ленинградской организации мероприятиями ЦК ВКП(б), распространяя клеветнические утверждения, высказывали изменнические замыслы… А также разбазаривали государственные средства. Как видно из материалов дела, все обвиняемые на предварительном следствии и на судебном заседании вину свою признали полностью». Кузнецов, Вознесенский, Попков, Лазутин, Родионов и Капустин были приговорены к высшей мере наказания — расстрелу. Турко получил 15 лет лишения свободы, Закржевская и Михеев — по десять. Приговор был окончательный и обжалованию не подлежал. Позднее были расстреляны также Бадаев, Харитонов, Левин, Кубаткин и сестра Вознесенского.
Генерал-лейтенант Пётр Николаевич Кубаткин, который с августа 1941 года по июнь 1946 года возглавлял Управление НКВД — НКГБ по Ленинградской области, а затем до 9 сентября 1946 года был начальником 1-го Главного управления (внешняя разведка) МГБ СССР, был арестован 23 июля 1949 года и обвинён в том, что в период работы в Ленинграде уничтожил материалы, свидетельствующие о шпионаже секретаря горкома ВКП(б) Я.Ф. Капустина в пользу Великобритании.
Всего по «ленинградскому делу» в 1949–1951 годах было осуждено 108 человек (собственно партийных работников — около 60 человек), из них к высшей мере наказания — 23 человека, 85 получили срока от 5 до 25 лет. Еще 105 человек были отправлены в ссылку на срок от 5 до 8 лет как члены семей изменников Родины (ЧСИР).