Значительная часть местных жителей принадлежали к униатской, то есть грекокатолической церкви. Собственная церковь делала обитателей западных земель обособленной общностью. Предстоятель униатской церкви митрополит Галицкий и архиепископ Львовский Андрей (Шептицкий) пользовался на Западной Украине непререкаемым авторитетом. Церковь воспринималась западными украинцами как оплот национального духа.
В 1941-м во Львове — центре униатской церкви — духовенство встречало немецкие войска повсеместным звоном колоколов, вручением хлеба и соли, благодарственными речами в адрес фюрера. Советская власть однозначно считала униатскую церковь цитаделью антисоветизма. Униатские священники подозревались в поддержке ОУН-УПА, националистического подполья.
В начале января 1945 года глава Украины Хрущев провел совещание во Львове. Высказался и относительно религиозных дел:
— Нужно знать, сколько у нас православных приходов, сколько католических, сколько униатских, посмотреть монастыри, что там за люди .
— У нас в монастыре около двухсот монахов, — информировал Никиту Сергеевича один из руководителей областного управления госбезопасности.
— Давайте их переселим в Воркуту, — предложил Хрущев.
В Наркомате госбезопасности УССР пришли к выводу, что «грекокатолическая униатская церковь в том виде, в каком она существует в настоящее время, является чуждой нам по влиянию легальной резидентурой Ватикана и активно действующей украинской националистической организацией на нашей территории». Задачу сформулировали так: полностью ликвидировать униатство на советской территории, оторвать грекокатоликов от Ватикана и воссоединить с Русской православной церковью. НКГБ Украины провел грандиозную оперативную комбинацию, которая привела к развалу униатской церкви. Нарком госбезопасности генерал-лейтенант Сергей Романович Савченко доложил Хрущеву, что сформирована Центральная инициативная группа по переводу униатских приходов в православие в городе Львове.
Хрущев, проводя 16 июля 1945 года совещание во Львове, с удовлетворением отметил:
— Об униатах. С ними получилось замечательно. Удар, который мы нанесли по руководству униатов, явился очень удачным. Нам нужно поддержать инициативную группу по переходу в православную веру. Из двух зол выбирают меньшее. Нам выгодно, чтобы униаты перешли в православную веру. Это политика — чтобы оторвать от Рима...
Седьмого декабря 1945 года патриарх Московский и Всея Руси Алексий (Симанский) отправил письмо председателю Совета по делам Русской православной церкви при СНК СССР генерал-майору госбезопасности Георгию Григорьевичу Карпову: «Мы не будем настаивать на быстром и насильственном изменении внешних форм богослужения и даже внешнего вида священнослужителей (одежда, бритье бороды и усов). Важно существенное: православный символ веры; непоминовение Папы, а поминовение Патриарха и своего православного епископа как знак единения с православной церковью; празднование пасхи по Восточной пасхалии; принятие православного календаря с прекращением чествования католических святых».
Менее чем через две недели, 18 декабря, нарком С. Р. Савченко отправил записку союзному наркому госбезопасности В. Н. Меркулову:
«Мы пришли к выводу о необходимости созвать “общегалицкий” собор. Ликвидировать посредством его унию, оформить разрыв с Ватиканом и окончательно воссоединить грекокатолическую церковь с русской православной. Собор мы считаем политически и практически целесообразным провести после выборов в Верховный Совет СССР, то есть ориентировочно во второй половине февраля или первой половине марта 1946 года.
Для проведения собора просьба войти с ходатайством к Правительству СССР об отпуске 500 тысяч рублей — с тем, чтобы эта сумма была переведена Московской патриархии, которая, в свою очередь, должна перевести деньги в адрес Центральной инициативной группы».
Работа собора во Львове началась 9 марта 1946 года с православного богослужения в кафедральном соборе Святого Юра, который был центром униатства. После богослужения православные епископы приступили к церковно-каноническому воссоединению делегатов собора с православием. Была зачитана специальная молитва. Каждый из делегатов исповедовался у епископа и был благословлен уже как православный священник. Униатская церковь прекратила свое существование. Делегацию собора приняли Хрущев и председатель Верховного совета Украины Михаил Сергеевич Гречуха. Спецоперация завершилась. И только через много лет станет ясно: униатская церковь не исчезла, а ушла в подполье, и со временем окажется объединяющей силой в противостоянии московской власти...
Борьба с повстанческим подпольем продолжалась. Руководитель Советской Украины старательно демонстрировал жесткость. 20 мая 1945 года заместитель наркома внутренних дел СССР комиссар госбезопасности 2-го ранга Василий Васильевич Чернышов направил своему начальнику Лаврентию Павловичу Берии докладную записку :