Большинство ученых физтеха отнеслись к введению новых порядков с глубоким возмущением. Так, известный физик-экспериментатор О.Н. Трапезникова (супруга впоследствии репрессированного Л. Шубникова) прикрепляла свой пропуск к ошейнику собаки, которая ходила вместе с ней на работу. Ландау и Ф. Хоутерманс прицепляли свои пропуска на спину, а то и пониже, выражая тем самым свой протест, пусть и в наивной и не очень этичной по отношению к работникам охраны форме.
Ко всему прочему директор Давидович и его заместитель по спецтематике так странно распределили выполнение работ, что тут же возник серьезный конфликт между «выдвиженцами», руководившими проектами, и видными учеными, которые должны были выполнять второстепенные задачи. К примеру, с самого начала внедрения в УФТИ военной тематики от участия в ней были отстранены руководители направлений, которые являлись видными учеными института, не только определявшими научную политику, но и осуществлявшими научное руководство институтом в целом. Кроме того, тут же возник целый клубок противоречий в ходе выполнения фундаментальных, обычных и оборонных исследований. Ущемленные в своих правах ведущие ученые стали сами демонстративно отказываться от участия в военной тематике, выбрав для этого очень неудачную для текущего политического момента формулировку о неправомерном ограничении свободы их научного творчества.
Увидев, что военная тематика подвергается бойкоту научной элиты, а ряд важнейших спецтем вообще находится на грани срыва, Давидович, запутавшись в своих поступках и решениях, повел себя как слон в посудной лавке. Не понимая деликатности вопроса привлечения научных светил к военной тематике, он просто отстранил их от ее исполнения.
Между тем выполнение спецтем было яблоком раздора и по причинам финансового характера, ведь сотрудники, занятые ими, получали очень большую зарплату, различные надбавки и премии, к тому же в первую очередь обеспечивались приборами, оборудованием и материалами. Все это вызвало раскол раньше такого дружного коллектива на враждующие лагеря, каждый из которых настойчиво искал для себя «рычаги влияния» для отстаивания собственных интересов. Претензии научных руководителей профильных бригад-отделов нашли понимание у руководства союзного Наркомата тяжелой промышленности, в лице замнаркома Юрия Леонидовича Пятакова и начальника научно-исследовательской части наркомата Николая Ивановича Бухарина и даже ряда членов ЦК ВКП(б). В оппозиции находилась институтская дирекция, поддерживаемая партийной и профсоюзной организациями, а также харьковские ГПУ и обком партии. Так быстро начал разгораться конфликт между директором Давидовичем и ведущими учеными института, приведший в итоге к «делу УФТИ».
Рассказывая об этом трудном этапе жизни Харьковского физтеха, надо помнить, что в скрытом виде групповое противоречие научно-производственных интересов существовало с самого начала, еще при директоре Обреимове коллектив УФТИ раскололся как бы на две части. С одной стороны, это были сам директор, научные руководители бригад-отделов, их ассистенты и аспиранты, поддерживаемые талантливыми инженерами и научными сотрудниками, для которых занятия наукой по большому счету составляли смысл жизни. Они, постоянно находясь в творческом поиске, казалось, работали двадцать четыре часа в сутки, начиная каждый рабочий день со споров в библиотеке, где всегда можно было найти свежие публикации, и заканчивая глубокой ночью обсуждением сделанного и новых научных проблем как своих собственных, так и разрабатываемых в других институтах.
Во втором лагере царили совсем иные нравы. Его представители были людьми совершенно случайными в науке, которой они занимались по воле случая, прельстившись чистой работой и сытной жизнью. Чаще всего они попадали в УФТИ по комсомольской, профсоюзной и партийной линии, имея минимальные знания, после окончания рабфаков и профтехучилищ, которые тогда организовывались при большинстве вузов. Попав в институт, они тут же решали, что это их личное достижение, и начинали изображать из себя ученых, посещая семинары, коллоквиумы и практикумы, при этом совершенно ничего не понимая в рассматриваемых научных задачах и проблемах. Это вызывало сильное раздражение, поскольку ученые не хотели, а многие и не обладали для этого необходимым педагогическим талантом просвещать случайных людей, совершенно не приспособленных по своему складу ума к научной работе. «Выдвиженцы» были в свою очередь крайне недовольны тем, что от них снова требуют «учиться и учиться», когда они и так перегружены общественными и организационными делами.