Отработанная в сентябре 1941 года Кузнецовым организация обеспечения конвойных операций успешно действовала на протяжении всей войны в силу стабильности маршрута и эффективности схемы взаимодействия. Вскоре один за другим из Исландии в Архангельск и Мурманск пошли конвои с вооружением и военными припасами: PQ-1, PQ-2, PQ-3, PQ-4, PQ-5 и PQ-6. В Советский Союз везли стратегически важный для нас груз — каучук, бомбы, танки, разобранные самолеты «Харрикейн», шерсть и продукты. Обратно — лес и золото, которым СССР частично расплачивался за поставки по ленд-лизу. В целом в 1941 году проводка полярных конвоев прошла без каких-либо трудностей, что позволило приобрести необходимый опыт по взаимодействию в относительно спокойных условиях.
Здесь, сожалению, не обошлось без чиновничьих разборок. Так, в сентябре 1941 года встал вопрос о плавании во льдах Белого моря зимой 1941/42 года. Стремясь использовать ситуацию, начальник Севморпути И. Д. Папанин при поддержке СС. Дукельского подготовил проект решения Совнаркома о передаче ему всех ледоколов и ледокольных пароходов Северного бассейна. Об этом проекте стало известно Кузнецову, который немедленно обратился к Сталину. Приведя весомые аргументы, он добился отклонения данного проекта. Ему же Сталин поручил написать новый проект распоряжения Совнаркома «О бесперебойном плавании на подходах к Белому морю и в Белом море между портами Архангельск, Кемь и Кандалакша».
По проекту Кузнецова в распоряжении С. С. Дукельского для использования зимой в Белом море оставались три буксира и пять пароходов с ледовым креплением корпусов, а также пять арктических океанских пароходов, которые прибудут в Архангельск в составе полярных конвоев. Папанин должен был выделить ледокольный пароход «Сталинград», передать в ВМФ линейный ледокол «Ленин», а также ледокольные пароходы «Седов», «Русанов» и «Сибиряков». И это при том, что ранее у Папанина были уже забраны в ВМФ ледоколы «Сталин», «Литке», «Дежнев», № 6 и № 8. Все ледоколы и ледокольные пароходы ВМФ Кузнецов предлагал включить в особый Ледокольный отряд, который входил бы в состав Беломорской военной флотилии.
Папанин от руководства ледовыми делами на Белом море вообще отстранялся: «Все вопросы по ледовой проводке судов в Белом море должен решать Ледокольный отряд Беломорской военной флотилии, а все портовые работы, включая погрузочно-разгрузочные операции, должны обеспечиваться торговыми портами»[39].
Отметим, что в завершение Кузнецов не удержался от «шпильки» в адрес оппонентов: «Передачу же, как указано в направленном Вам (по-видимому, имеется в виду Сталин. —
Данный проект И. В. Сталина полностью удовлетворил.
Разумеется, при переходе на военные рельсы такие решения неизбежны. Предельно понятны и соображения наркома ВМФ. После утверждения проекта приказ Н. Г. Кузнецова о Ледокольном отряде Беломорской флотилии № 16408С от 30 сентября 1941 года был отослан заместителю председателя Совнаркома А. И. Микояну, а копии С. С. Дукельскому и И. Д. Папанину. Отметим, что, решив этот немаловажный для государства вопрос, Кузнецов нажил себе очередного недруга в лице Папанина.
В связи с отступлением войск юго-западного направления уже в первые дни войны прекратила свое существование Дунайская, а чуть позднее и Днепровская флотилии. Большая часть кораблей была уничтожена противником или взорвана самими экипажами, меньшая — прорвалась в порты Черного моря. В июле директивой наркома ВМФ была создана Азовская военная флотилия, в состав которой вошли уцелевшие корабли речных флотилий и вооруженные гражданские суда.
В августе начались ожесточенные бои на подходах к Одессе. Кузнецов, вызванный в Ставку по текущим делам, сразу же заявил о готовности Черноморского флота оказать более существенную помощь Одессе. Он просил также довести до Сталина предложение об объединении армейского и флотского командования в городе.