В России, однако, часто бывает, что начальство, предоставляя подданным какой-то новый вид свободы, обставляет ее таким количеством ограничений и дополнительных требований и угроз, что прежняя несвобода начинает казаться потерянным раем. Так произошло и с цензурной реформой. Во-первых, несмотря на то что переход на карательную цензуру объявлялся делом добровольным, практически всем изданиям закулисно настоятельно рекомендовалось подать прошение об этом. Во-вторых, от изданий всё равно требовалось предоставлять все материалы на предварительное прочтение в управление по делам печати. В-третьих, наряду с возможным судебным преследованием и последующим штрафом или тюремным заключением, которое могло инициировать исключительно правительство, оно же имело возможность объявлять предостережение за «вредное направление» того или иного материала. Третье предостережение означало автоматическую приостановку издания на полгода или — по специальному решению — его закрытие. Отмена цензуры оборачивалась фактически двойной цензурой с двойной системой наказаний.
Перспектива такой свободы совершенно не манила, но делать было нечего. 15 сентября Некрасов и Пыпин, ставший ответственным редактором журнала, подали прошение в Главное управление по делам печати о разрешении издавать «Современник» по новым правилам. 21 сентября такое разрешение было дано. После этого, как пишут в романах, события начали развиваться стремительно. Уже 11 ноября «Современнику» было вынесено первое предостережение за «оскорбления начала брачного союза» в статье Пыпина «Новые времена», «прямое оспаривание начал собственности», «возбуждение вражды к высшим сословиям» в статье Жуковского «Записки современника» и «возбуждение общественного недоверия к закону о печати 6 апреля» в статье Антоновича «Надежды и опасения», а также в целом за вредное направление журнала. 4 декабря за «неумолкающее, настойчивое проповедование ложных идей и постоянную грубейшую клевету как на правительственные учреждения, так и на сословия и частные лица», в том числе проявившиеся в стихотворении «Железная дорога», «Современник» получил второе предостережение.
Положение журнала сделалось совершенно отчаянным. Перед началом нового года, во время подписной кампании, «Современник» оказался на грани полугодичной приостановки или закрытия, поскольку в запасе у него было только одно предостережение. Это сразу сказалось на подписке и поставило перед Некрасовым задачи, возможно, превышающие его возможности. Видимо, в сложившейся ситуации не действовали правительственные связи — никто не мог повлиять на непреклонного доктринера Валуева, почему-то настойчиво ведшего «Современник» к закрытию. С декабря 1865 года издание журнала фактически превратилось для редактора в отчаянную борьбу за выживание.