Согласно Обвинительному заключению, подсудимым вменяется в вину совершение преступлений против мира путем планирования, подготовки, развязывания и ведения агрессивных войн, которые являются также войнами в нарушение международных договоров, соглашений и гарантий; военные преступления и преступления против человечности. Кроме того, подсудимым вменяется в вину участие в создании и осуществлении общего плана или заговора для совершения всех этих преступлений.
Обвинение далее просило Трибунал объявить все вышеназванные группы или организации преступными в том смысле, как это определено Уставом.
17 ноября 1945 г. Трибунал постановил слушать дело
В соответствии со ст.ст. 16 и 23 Устава, подсудимые, находящиеся в заключении, либо сами выбрали себе защитников, либо, по их желанию, защитники были назначены Трибуналом.
В связи с отсутствием подсудимого Бормана Трибунал назначил ему защитника, а также назначил защитников для названных выше групп или организаций.
Процесс начался 20 ноября 1945 г. и велся на четырех языках — английском, русском, французском и немецком. Все подсудимые, кроме Бормана, не признали себя виновными.
Предъявление доказательств и речи сторон закончились 31 августа 1946 г. Состоялось 403 открытых судебных заседания Трибунала. 33 свидетеля обвинения дали устные показания против отдельных подсудимых; кроме 19 подсудимых, был допрошен 61 свидетель защиты. Еще 143 свидетеля защиты дали показания путем представления письменных ответов на опросные листы. Трибунал назначил уполномоченных для подбора доказательств, относящихся к организации. 101 свидетель защиты дал показания перед уполномоченными, и было представлено 1 809 письменных показаний других свидетелей. Было также представлено 6 отчетов, резюмирующих содержание большого числа других письменных показаний. 38 000 письменных показаний, подписанных 155 000 человек было представлено по делу политических руководителей; 136 213 — по делу СС; 10 000 — по делу СА; 7 000 — по делу СД; 3 000 — по делу генерального штаба и ОКВ и 2 000 — по делу гестапо.
Трибунал сам заслушал 22 свидетеля по делу организаций. Документы, представленные в качестве доказательств по обвинению отдельных подсудимых и организаций, исчисляются несколькими тысячами. Во время процесса производилась полная стенографическая запись всего, что говорилось на суде, а также электрозвукозапись всех заседаний Трибунала.
Копии всех документов, представленных в качестве доказательств Обвинения, передавались защите на немецком языке. Ходатайства подсудимых о вызове свидетелей и истребовании документов в некоторых случаях вызывали серьезные затруднения в связи с неустройством в стране. Было также необходимо ограничить число свидетелей, вызываемых в Трибунал, для того, чтобы обеспечить скорый суд в соответствии со статьей 18(с) Устава. Трибунал после их рассмотрения удовлетворил все те ходатайства, которые, по его мнению, имели отношение к защите любого из подсудимых или любой из названных групп или организаций и не являлись кумулятивными. Через генеральный секретариат, учрежденный. Трибуналом, была предоставлена возможность доставки свидетелей и документов, ходатайства о вызове и истребовании которых были удовлетворены.
Большая часть доказательств, представленных Трибуналу Обвинением, являлась документальными доказательствами, захваченными союзными армиями в германских армейских штабах, в правительственных зданиях и в других местах. Некоторые из документов были обнаружены в соляных копях, зарытыми в земле, спрятанными за ложными стенами и в других местах, которые считались недоступными с точки зрения обнаружения этих документов.
Таким образом, обвинение против подсудимых базируется в большей степени на документах, составленных ими самими, аутентичность которых не оспаривалась, за исключением одного или двух случаев.
Отдельные подсудимые обвиняются по статье 6 Устава, которая гласит: