Подавляющие своей убедительностью доказательства говорят о существовании системы насилия, зверств и террора. 7 сентября 1941 г. Гитлер издал директиву, которая впоследствии получила известность под названием «Нахт унд небель эрлас» (приказ «Мрак и туман»); согласно этому приказу, лица, совершившие действия, направленные против империи или германских войск на оккупированных территориях, за исключением тех случаев, когда данное лицо, вне всякого сомнения должно было быть подвергнуто смертной казни, подлежали тайному увозу в Германию и передаче в руки Зипо и СД для суда над ними и наказания их в Германии. Этот приказ был подписан подсудимым Кейтелем. После того, как эти гражданские лица привозились в Германию, ни одно слово о них не должно было доходить до страны, откуда они были вывезены, или до их родственников; даже в тех случаях, когда они умирали в ожидании суда, их семьям не сообщалось об их судьбе; это делалось с целью вызвать беспокойство у семей арестованных лиц. Подсудимый Кейтель в сопроводительном письме, датированном 12 декабря 1941 г., следующим образом изложил те цели, которые руководили Гитлером при издании этого приказа:
«Эффективное и продолжительное устрашение может быть достигнуто либо суровым наказанием, либо путем проведения мероприятий, при которых родственники преступников и остальное население остаются в неведении относительно судьбы этих преступников. Эта цель достигается при увозе преступников в Германию».
Даже те, которые хотя бы подозревались в том, что они противились каким-либо политическим мероприятиям германских оккупационных властей, подвергались аресту, при аресте подвергались допросу гестапо и СД самыми постыдными методами. 12 июня 1942 г. начальник полиции безопасности и СД через посредство Мюллера, начальника гестапо, издал приказ, санкционировавший применение методов «третьей степени» при допросах в тех случаях, когда предварительное следствие установило, что допрашиваемый мог бы дать показания по важным вопросам, как, например, о подрывной деятельности, хотя и не с целью вынудить заключенного признаться в собственных преступлениях. Этот приказ гласит:
«Методы третьей степени могут применяться только против коммунистов, марксистов, свидетелей еврейской национальности, диверсантов, террористов, членов движения сопротивления, агентов-парашютистов, асоциальных элементов, польских и советских бездельников или бродяг, во всех остальных случаях следует предварительно испрашивать моего разрешения... Методы третьей степени применительно к обстоятельствам состоят, наряду с другими методами, из сокращенного рациона (хлеб и вода), жесткой постели, темной камеры, запрещения спать, изматывающих упражнений, а также порки (в случае, если назначается более 20 ударов, следует консультироваться с врачом)».
Политика жестокого подавления всякого сопротивления немецкой оккупации сводилась не только к суровым мерам по отношению к лицам, подозреваемым в принадлежности к движению сопротивления, но и распространялась также на членов их семей. 19 июля 1944 г. командир Зипо и СД в Радомском районе в Польше издал приказ, распространенный через посредство высших руководителей СС и полиции, о том, что во всех случаях убийства немцев, или покушения на их жизнь, или при попытке диверсантов разрушить важные объекты следовало расстреливать не только виновных, но также и всех их родственников мужского пола, родственники же женского пола в возрасте свыше 16 лет должны направляться в концентрационный лагерь. Летом 1944 года эйнзатцкоманда Зипо и СД в Люксембурге отправила людей в заключение в концлагерь Саксенхаузен только потому, что они являлись родственниками дезертиров и поэтому могли «представить опасность для интересов германской империи, если они останутся на свободе».
Для предупреждения различных видов беспорядков среди гражданского населения и для борьбы с ними немцы прибегали к системе взятия заложников. Приказ, изданный подсудимым Кейтелем 16 сентября 1941 г., предлагал лишать жизни 50 или 100 человек населения оккупированных областей Советского Союза за каждого убитого немца. В приказе говорилось «Следует помнить, что человеческая жизнь в странах, где еще не установлен порядок, часто ничего не стоит, и устрашения можно добиться только чрезвычайной суровостью». Точное число убитых в результате этой политики неизвестно, много было убито во Франции и в других оккупированных районах Запада, в то время как на Востоке массовое уничтожение проводилось еще в больших масштабах. Кроме убийства заложников, в некоторых случаях уничтожались целые города; массовые убийства, подобные тем, которые имели место в Орадур сюр Глане во Франции и Лидице в Чехословакии, описанные в деталях Трибуналу, представляли собой примеры организованного террора, применявшегося оккупантами для подавления и искоренения всякого противодействия их владычеству.