По окончании школы в 1521 году Мишель получил звание магистра искусств – некий эквивалент современного аттестата или степени бакалавра. В то время, однако, магистрами были немногие. К тому же это звание было необходимо, чтобы облегчить поступление на медицинский факультет университета, куда юноша стремился попасть.
Медицина XVI века была еще очень далека от современной, хотя в эпоху Возрождения некоторые разделы этой науки претерпели значительный прогресс. Анатомия была обновлена еще в XIV веке с началом анатомирования трупов в университетах – сначала в Италии, а потом и в других странах. Церковь, вопреки легендам, не противилась этому; в 1472 году папа Сикст IV признал полезность анатомии как медицинской и художественной дисциплины, и обучение ей было формально дозволено Климентом VII. Наиболее активным центром анатомических занятий в первой половине XVI века был Парижский университет (Сорбонна), где анатомию преподавали Жак Дюбуа (он же Сильвий, 1478–1555) и Иоганн Гюнтер Андернахский (1505–1574).
Властителем дум первых анатомов оставался великий античный медик Гален, чьи идеи были сохранены в Средние века арабскими врачами. Его влияние многократно усилилось благодаря типографскому делу: в 1490 году в Венеции было опубликовано первое издание латинского перевода его сочинений по анатомии, а в 1525 году – греческий оригинал. Но со временем опыты по анатомированию обнаружили противоречия между тезисами Галена и наблюдаемой реальностью; врачи все больше и больше убеждались, что экспериментальные данные следует предпочесть книжному знанию. Хотя в своих медицинских трудах Жак Дюбуа еще всецело зависел от трактатов Галена, опыт, приобретенный благодаря препарированию, позволил ему обойти своего предшественника и составить новую анатомическую номенклатуру, в частности, точно описать желудочки мозга.
Около 1539 года ученик Дюбуа Шарль Этьен, сын знаменитого печатника-гуманиста Анри Этьена, в сотрудничестве с хирургом Этьеном де Ла Ривьером написал иллюстрированный трактат по анатомии «Рассечение на части человеческого тела»
В этот же период родилась физиология, основанная Жаном Фернелем, придворным врачом короля Генриха II. Само слово
Произведения «отца медицины» Гиппократа были известны еще лучше, чем Галена. В 1532 году Франсуа Рабле выпустил в Лионе издание «Афоризмов» великого грека; французский перевод гиппократовых текстов появился в Лионе благодаря Пьеру Вемеи в 1539 году. В 1544 году латинский перевод хирургических трактатов, приписывавшихся Гиппократу