Раздраженный поведением Гиза, не обратившего на него никакого внимания, король решился освободиться от него убийством; в декабре 1588 года Гиз был предательски умерщвлен в глазах Генриха III. Но преступление не помогло: вся католическая Франция взволновалась; в Париже со всех церковных кафедр послышались самые жестокие речи против короля и против династии Валуа; богословский факультет парижский (Сорбонна) издал декрет, которым все французы освобождались от присяги Генриху III. Король, у которого оставалось только пять городов, принужден был соединиться с Генрихом Наварским, т. е. отдаться под его покровительство. В 1589 году оба Генриха осадили Париж, но тут фанатик, монах Клеман, убил Генриха III; династия Валуа прекратилась; протестанты немедленно провозгласили королем Генриха Наварского под именем Генриха IV; Генрих III, умирая, объявил ему, что он никогда не будет французским королем, если останется протестантом; Генрих IV сам знал это очень хорошо.
В начальнике новой династии, Генрихе IV Бурбоне, Франция получила короля, способного возвратить верховной власти значение, потерянное последними Валуа. Ни один король не оставил по себе такое популярное имя в стране, как Генрих IV; подобно Франциску I, он был истый француз со всеми достоинствами и недостатками народного характера; необыкновенно храбрый, участвовавший более чем в 200 битвах, щедрый, обходительный, с порывами великодушия и вместе беззаботный, страстный к женщинам, способный пожертвовать плодами победы для любовного свидания; но важно было то, что Генрих прошел хорошую школу, ведя с детства тяжелую, опасную борьбу, имея возможность постоянно следить за разгаром самых сильных страстей, изучать, оценивать людей, приучаясь сторониться с своими интересами, давать место интересам чужим, приобретая благодушие и способность соглашения, приобретая сознание своих недостатков и уменье подчиниться авторитету людей достойных; Генрих IV взял с бою свое королевство, благодаря добрым товарищам, и, ставши королем, он умел остаться добрым товарищем для добрых.
Генрих должен был с бою добывать свое королевство, потому что большинство не хотело иметь королем протестанта. Счастьем для Генриха было то, что это большинство не имело достойного вождя, некем было заменить Генриха Гиза, ибо брат его, герцог Майен, ставший вождем Лиги, был человек неспособный, тогда как Генрих IV был виднее всех по своим личным средствам. В марте 1590 года он встретился с войском Майеня при Иври, недалеко от Дрё, и нанес ему страшное поражение. Но лигисты призвали на помощь Филиппа II испанского; знаменитый полководец последнего, Александр Пармский, выступил из Нидерландов во Францию и искусным движением заставил Генриха снять осаду Парижа.
Для окончания борьбы Генрих счел необходимым уступить большинству и принять католицизм – дело тяжкое для его самолюбия, ибо он являлся человеком, который для короны жертвует своими религиозными убеждениями. Генрих объявил, что готов принять наставление в католическом исповедании, и для того созвал в Реймсе знатнейшее духовенство. Ревностные католики, парижские лигисты не поддавались на эту сделку, видели в обращении Генриха только политическую меру, от которой не ждали никакого добра, будучи уверены, что Генрих останется в душе протестантом и не будет действовать против своих прежних единоверцев; но большинство, истомленное усобицею и жаждущее успокоения, с восторгом приветствовало обращение Генриха. К счастью для последнего, между лигистами возник раздор: Майен перессорился с племянником, молодым герцогом Гизом (сыном убитого Генриха); к этому присоединилась ненависть между французами и испанцами, потому что Филипп II стал прочить французский престол для своей дочери; наконец Александр Пармский умер, и Генрих таким образом освободился от единственного неприятельского полководца, с которым ему трудно было сладить.
В июле 1593 года Генрих торжественно принял католицизм, а в марте 1594 года сдался ему Париж, причем король оказал необыкновенное великодушие, не тронул самых заклятых врагов своих. Умысел молодого фанатика Шателя убить короля не удался; так как Шатель вынес свои убеждения о законности цареубийства из иезуитской коллегии и от духовника-иезуита, то почтенные отцы были изгнаны из Франции.