Проект протеста Генеральной прокуратуры в Судебную коллегию по уголовным делам Ленинградского городского суда, по-видимому, обсуждался в руководстве Прокуратуры, хранящиеся в деле варианты этого документа показывают, что шел поиск приемлемой для всех сторон компромиссной формулировки. Сам текст протеста не менялся, менялась итоговая часть, содержавшая собственно требование Прокуратуры (протест имеет строго определенную форму, в первой его части излагается кратко суть приговора, затем критика эпизодов обвинения или процессуальных нарушений, в конце после слова «Прошу» следует мнение прокуратуры о пересмотре дела). Варианты протеста по делу Бродского были таковы: «Прошу постановление народного суда Дзержинского района города Ленинграда от 13 марта 1964 года в отношении Бродского Иосифа Александровича и частное определение в отношении Грудининой Натальи Иосифовны, Эткинда Ефима Гиршевича и Адмони Вольфа отменить и дело производством прекратить»44; «Постановление народного суда <...> в отношении Бродского Иосифа Александровича изменить и от высылки его досрочно освободить, а частное определение в отношении Грудининой Натальи Иосифовны, Эткинда Ефима Гиршевича и Адмони Вольфа отменить как необоснованное»45. Наконец, принят был вариант: «Постановление народного суда <...> в отношении Бродского Иосифа Александровича изменить и досрочно освободить его с места поселения, а частное определение <...> отменить как необоснованное»46.
В таком виде протест за подписью М. П. Малярова, первого заместителя Генерального прокурора СССР, был отправлен в Ленгорсуд 5 января 1965 года. Любопытно, что среди документов, сопровождавших протест, в первых двух вариантах значились «дело в 1 томе, письмо Гранина на 1 листе и характеристика на 1 листе», а письмо Д. А. Гранина на имя Р. А Руденко, единственное из всех написанных в защиту Бродского писем, было использовано в тексте протеста. Однако в итоговом варианте протеста появилась фраза: «Группа членов Союза советских писателей — Корней Чуковский, К. Паустовский, А. Ахматова и другие обратились в органы прокуратуры с просьбой о передаче Бродского им на поруки», выдержки из письма Д. А. Гранина исчезли, и прилагалось к протесту теперь не оно, а «письмо Корнея Чуковского и др.»47.
О передаче Бродского на поруки писательской организации существовала закулисная договоренность между М. П. Маляровым и защитниками поэта, представленными в первую очередь Н. И. Грудининой. Это выясняется из письма ее Малярову от 20 января 1965 года: «Наша договоренность с Генеральной Прокуратурой имела известный смысл: дабы вся эта шумиха не вскружила Бродскому голову — то лучше взять его на поруки». В этом же письме Грудинина поясняла Малярову, что изменилась обстановка в Ленинградском отделении Союза писателей: «14 января писатели отстранили от руководства Прокофьева и выбрали себе новое руководство. Одной из основных тем выступлений было непринципиальное поведение Прокофьева в деле Бродского. Всех, кто активно боролся за Бродского, в том числе и трех свидетелей защиты, — писатели выбрали в новое Правление. 3-й секретарь обкома т. Богданов заявил с трибуны, что обком ничего не имеет против того, чтобы писатели воспитывали Бродского»48.
Одновременно с протестом из Генеральной прокуратуры с пометами «срочно» и «особый контроль» ушло письмо за подписью прокурора Шарутина к прокурору города Ленинграда С. Е. Соловьеву с просьбой лично поддержать протест при рассмотрении дела в судебной коллегии Ленгорсуда49. В тот же день, 5 января, М. П. Маляров уведомил и Я. Э. Калнберзина, что по делу Бродского «мною внесен протест на предмет досрочного его освобождения с места поселения»50.
Слушание дела в Президиуме Ленинградского городского суда состоялось очень быстро, уже 16 января. Прокурор С. Е. Соловьев действительно присутствовал. И в очередной раз история приняла неожиданный оборот. Ленгорсуд отклонил протест первого заместителя Генерального прокурора и приговор Бродскому оставил в силе51. Гордая независимость суда от требований высшей прокурорской инстанции объяснялась, несомненно, предельной его зависимостью от городской власти.
Не беремся угадывать чувства советского чиновника высокого ранга, но сложно удержаться от предположения, что тут уж М. П. Маляров должен был быть задет лично. Тем более что дело-то московскому руководству представлялось ясным. Теперь за подписью Малярова стал готовиться новый протест, на этот раз в Верховный суд РСФСР. На многих подготовительных документах рукой непосредственно занимавшегося этим вопросом Л. Н. Седова сделаны пометы, удостоверяющие, что вопрос регулярно, на всех этапах докладывался М. П. Малярову.