В сложившихся условиях единственным желанием дяди было вернуться в Петроград и найти там мать и сестру. Он узнал, что в Поти стоит пароход, который должен уйти в Севастополь. Дядя полагал, что добраться до дома из Севастополя будет легче, чем из Тифлиса. Кроме того, он надеялся найти там младшего брата — моего отца, о судьбе которого ничего не знал. Прибыв по железной дороге в Поти, он сел на пароход и оказался в Севастополе. Там дядя быстро убедился, что “хрен редьки не слаще”. После подписания Брестского мира Украина и Крым были оккупированы немецкими войсками, Украина также была объявлена независимой. Брата в Севастополе дядя не застал, зато встретил двух знакомых офицеров, бежавших с севера. Они ему рассказали про ВЧК, про расстрелы офицеров и про другие “прелести” нового режима. Перед дядей встала проблема выбора: либо несмотря ни на что пробираться через оккупированную Украину на север, либо плыть по Азовскому морю туда, где собирались противники большевистского режима. Дядя выбрал второй путь. Все последующее от него уже не зависело. Из Севастополя он добрался до Екатеринодара и 1 августа 1918 года был зачислен в Добровольческую армию. Его направили в одно из саперных подразделений. Осенью 1918 года он был ранен. Прибыв с фронта на излечение в Екатеринодар, он встретил там своего двоюродного брата Павла Николаевича Шатилова, с которым расстался несколько месяцев назад в Тифлисе. В дальнейшем они старались не терять друг друга из вида.
Генерал Шатилов был одним из руководителей Вооруженных сил Юга России (ВСЮР), поэтому сохранились достаточно подробные сведения о его участии в Гражданской войне (см., например: Рутыч Н. Биографический справочник высших чинов Добровольческой армии и Вооруженных Сил Юга России. М., “Regnum” и “Российский архив”, 1997, стр. 269, 270). Из Тифлиса через Владикавказ он добрался до Екатеринодара и 9 сентября 1918 года вступил в Добровольческую армию. Командовал 1-й конной дивизией, 4-м конным корпусом, 15 марта 1919 года был тяжело ранен, но через месяц снова вернулся в строй. В мае 1919 года главнокомандующий Вооруженными силами Юга России генерал Деникин присвоил ему за боевые отличия в боях под Манычем чин генерал-лейтенанта, а в июне назначил его начальником штаба Кавказской армии, действовавшей на Царицынском направлении. Командующим этой армией был генерал Врангель, хорошо знавший Шатилова со времени русско-японской войны. Свой дальнейший путь генералы прошли вместе вплоть до смерти Врангеля в 1928 году.