При изложении этой общей цепи, или «лестницы природы», Боннé ставит вопрос о том, в каком порядке она должна быть поставлена, и решает его в том же смысле, как и все современные так называемые научные зоологи. «Из простого получается сложное». «Лестница природы получается в том случае, если итти от слагающего к сложному, от несовершенного к совершенному». Таким образом, в третьей части своей книги он постепенно переходит от общих элементов к неорганическим телам, затем к организмам, из которых он прежде всего рассматривает низшие, как, например, слизистые водоросли и трюфли, лишаи, плесень и пр. Потом он говорит о растениях вообще и переходит к полипам как к представителям низших животных. Далее у него идет речь о червях, размножающихся отпрысками, о насекомых, мягкотелых, рыбах и т. д., — все в восходящем порядке. В конце третьей части Боннé говорит «о переходе четвероногих к человеку». «Большой промежуток между человеком и четвероногими занимают обезьяны и ближайшие к ним животные, виды которых очень многочисленны и постепенны. От таких, которые всего ближе граничат с настоящими четвероногими, можно постепенно перейти к высшему и главному виду, столь близко подходящему к человеку, что его назвали поэтому оранг-утан, т. е. лесным человеком. Особенно здесь невозможно не признать постепенной последовательности существ, и таким образом подтверждается известный принцип немецкого Платона, что природа не делает скачков. Как поразительно далеко отстоит человек от собаки, и тем не менее между ним и собакой тянется почти непрерывная цепь. Следуя за нею, мы с удивлением доходим до существа, столь похожего на человека, что отличительные признаки его уже не составляют видовых признаков, а являются, повидимому, простыми разновидностями». «При рассмотрении внутреннего устройства этого странного существа оказывается, что в этом отношении оно не менее приближается к человеку, как и наружными признаками. Обозревая главные черты сходства и несходства, открываемые анатомией, нужно удивляться тому, как число последних мало и как они сами незначительны, тогда как сходства столь заметны и столь многочисленны».
Хотя автор новейшей и наилучшей истории зоологии — Виктор Карус — и утверждает, что во всех своих рассуждениях Боннé исходит от догмата неизменяемости видов, «не упоминая о какой-либо возможности изменения», тем не менее чтение седьмой части сочинения женевского натуралиста убеждает нас в противном. В этом отношении имеют особенное значение следующие места: «Если может быть какой-нибудь источник вырождения видов, то он, очевидно, лежит в оплодотворении. При оплодотворении семян одного растения пылью другого в результате получаются средние образования, род мулов, как мы уже видели»… «Если вы обратитесь к другим поводам вырождения, к особенностям почвы, влажности или сухости и т. п., то легко будет доказать вам бессилие таких причин. Но превратите ли вы с их помощью грушевое дерево в яблоню? Разве строение пшеницы оттого, что она травянистое растение, а не дерево, не так же существенно определено?..» «Но, быть может, почва, ее обработка и другие особенные условия имеют такое большое влияние на размеры и известные признаки, что в состоянии сделать виды неузнаваемыми? Один сделается тут карликом, а другой — в ином месте — великаном! Но не заблуждайтесь на этом пути. Исследуйте обоих внимательно, и вы отыщете вид среди этих обманчивых изменений. Так же могут изменяться и образы и еще более затемнять вид. Но удвойте ваше внимание, и вы откроете это затемнение…» «Мул бесплоден; но это не доказывает что таково свойство всех мулов. Между птицами встречаются мулы, которые, как говорят, размножаются. Следовательно, такие же мулы могут находиться и у других видов животных, преимущественно же у растений. Все, что мы у этих последних означаем названием вида, не представляется более
Отсюда ясно, что Боннé считает возможным изменение видов как у растений, так и у животных, но только объясняет происхождение производных видов путем скрещивания и считает в этом отношении бессильным непосредственное влияние внешних условий. В этом отношении Боннé более сходится со взглядом Линнея, чем с теорией «вырождения видов» Бюффона.