Дифференциация русского фенофонда связана с оседлостью. Несмотря на бурные миграционные процессы ХХ столетия, в России часть населения сохранялась в анклавах, несущих родовые черты предков. Старинные деревни несут в себе и старинный генофонд. В них смешение миграционными потоками минимально, поскольку основные потоки миграции проходили из деревни в город. Каждое компактное поселение, в котором браки носят преимущественно эндогамный характер, через несколько поколений превращается в поселение родственников. Аналогично, родственные связи образуют популяции, которые выглядят по фенотипу особенными, отличными от средних русских признаков. Вместе с тем, реального «среднего русского» не существует. Усреднение в данном случае фиктивно, носит скорее вынужденный характер для демонстрации отклонений от некого комплекса признаков. Ничего «субстратного» в отклонениях от среднерусского комплекса просто нет. Тот факт, что дифференцированная зона разделяет западный и восточный русские типы как раз означает, что эти типы сформированы преимущественно миграционными процессами, которые всегда более интенсивны на периферии. Центральная Россия, напротив, отражает низкий уровень зависимости от миграции, а потому и сильнее дифференцирована.
Включение в рассмотрение не только русских, но и всего восточно-европейского населения, смазывает картину, убирая признаки оседлости в Центральной России. Что как раз свидетельствует, что оседло на данной территории жили русские (точнее, великороссы), а другие народы приходили сюда в последние столетия в качестве мигрантов. Такая интерпретация полностью дискредитирует убежденность некоторые генетиков, кто коренных народов не существует. Мол, миграции перемешали население. Факты говорят об обратном.
Несовпадение фенотипического ландшафта «русской» и «восточно-европейской» карт обобщенные признаков на западе русского ареала и совпадение на востоке может быть интерпретировано в рамках «субстратной теории», а зоны отклонения от среднерусского комплекса признаков — как субстратные «пятна» финно-угров и тюрок. Иная интерпретация будет означать, что восточные территории Русской равнины формируют фенотип населения благодаря местным миграциям, единым как для русских, так и для прочих народов. На западе от русского ядра миграционные потоки для русских и нерусских были разными. Отсюда и несовпадения в ландшафте фенотипа. Действительно, именно с Запада в Россию приходили в последние две сотни лет самые масштабные нашествия, сдвигавшие с места западнорусское население. Русский восток укоренился гораздо раньше. Западнее Центра великороссы имеют меньший удельный вес в локальный миграциях, которые для них являлись преимущественными. Отсюда и смена ландшафта при переходе от «русской» карты к «восточно-европейской».
Напомним также, что есть серьезные сомнения в том, что методика составления карт достаточно корректна для интерпретации данных по «субстратной теории» или без нее. Серьезной проблемой западнорусских исследований является раздельный учет украинцев, белорусов и великороссов. Доля великороссов уменьшается, что приводит в конечных результатах к искусственному образованию фенотипических локусов, отличных от среднерусских.
Достаточно сомнительной, но все же более правдоподобной, выглядит попытка сопоставления пространственных распределений антропологических черт и карт древних славянских миграций. Почти каждое из своеобразных «ядер» антропологического сродства может быть сопоставлено не с субстратами иных народов, а с ареалами расселения летописных славянских племен. Обнаруживаются следующие соответствия: Псковское ядро — псковские кривичи; Волго-Тверское ядро — вероятно, тверские кривичи (гипотетическая общность, не подтвержденная археологией); Орша-Полоцкое ядро — полоцкие кривичи (полочане); возможно, дреговичи (данные недостаточно надежные в силу нахождения ареала на периферии исследованного пространства); Смоленское ядро — смоленские кривичи; Орловско-Брянское ядро — ранние вятичи; Московско-Окское ядро — вятичи (после их расселения); Сейминское ядро — северяне; Белозерское ядро — славянизированная весь; Мещеро-Муромское ядро — кривичи (менее вероятно — словене) при заселении ими Окско-Клязьминского междуречья; возможно, славянизированная мещера и мурома. Некоторые сложности интерпретации всегда могут быть разрешены за счет увеличения масштаба карты, а некоторые «ядра» интерпретированы как зоны интенсивного смешения. Ядерных структуры новгородских словен и радимичей можно считать не сохранившимися, а их родовые истории — угасшими.
Все же наиболее предпочтительной методикой интерпретации результатов пространственных исследований русского генотипа выглядит учет локальный миграций и уровня оседлости в последние два века. Бесспорно, что влияние более поздних исторических событий должно быть значительнее, чем влияние древних «субстратов» или «ядер». Преемственность фенофонда и генофонда от недавних предков более очевидна, чем от древних.