Изменилось положение боярства, много перемен произошло и в его составе. Постепенно теряют свое значение старинные московские боярские фамилии: Кошкины, Сабуровы, Челяднины, Морозовы, Квашнины, Воронцовы, Бутурлины и др. К сорока старинным боярским фамилиям теперь прибавляется не менее полутораста новых. Это все было главным образом удельное княжье из присоединенных и ликвидированных княжеств: Патрикеевы, Ряполовские, Оболенские, Холмские, Бельские, Курбские, Шуйские, Мстиславские, Воротынские и др. Эти титулованные княжеские роды из Рюриковичей или Гедеминовичей заполнили всю Москву и заняли все верховные должности. Они сидели в боярской думе, правили на местах, судили от имени «государя всея Руси», водили войска и т. д. Старое московское боярство, на которое некогда опирались московские князья, стушевалось и отошло на второй план, оттесненное богатым и знатным княжьем, приехавшим в Москву вместе со своими боярами и челядью. Среди самого боярства теперь образовалось несколько прослоек; бояре «местничали», следили за тем, чтобы менее родовитые не «заехали», т. е. не обошли их; начались бесконечные ссоры, споры и тяжбы из-за «мест». В расчет при этом принималась только родовитость. «Местничество», ставившее в основу всего «породу», т. е. родовитость, аристократичность, было средством борьбы в руках консервативного княжья и против произвола свыше, и против дворян, детей боярских и разных слуг, которые могли их «заехать».
Удельные князья привезли с собой в Москву порядки времен феодальной раздробленности. В Москве они были слугами и «холопами» Ивана, называли себя уменьшительными именами — Алексеец, Федорец, Васюк — и боялись его окрика, но у себя в вотчине по-прежнему считали себя князьями и полновластными хозяевами. Нередко они даже оставались наместниками в своих землях, и это только укрепляло их положение. Свои права они считали наследственными, но отнюдь не «пожалованными» великим князем. Рассматривая себя как наследственных владетелей, удельное княжье смотрело и на Москву как на своеобразный сборный пункт, откуда оно снова будет править землей, но не каждый в отдельности, как отцы и деды, а сообща, всей боярской думой.
Все эти стремления шли вразрез с политикой Ивана. Он не мог примириться с тем, что его власть ограничивают в области назначения воевод, наместников, судей, подсовывая ему вместо расторопных, хотя и не родовитых дворян, «слуг вольных», детей боярских, дьяков и т. д., весьма родовитых, но зачастую бестолковых и весьма щепетильных в вопросах «чести» и «породы» Рюриковичей. Назначать на должности по «родовитости» отнюдь не входило в интересы Ивана, так как всякая самодержавная власть, могущая «из грязи сделать князя», не нуждается в «породе» для возвеличения. Великий князь, пользовавшийся поддержкой многочисленного дворянства, посадских, церкви и старых московских боярских фамилий, не мог примириться с требованиями удельного княжья, становившегося все более и более наглым. И Иван решительно пресекает их притязания.
В 1500 г. «за высокоумничанье» князю Семену Ряполовскому отрубили голову, а князей Ивана Юрьевича и Василия Ивановича Патрикеевых насильственно постригли в монахи. Их ждала та же участь, что и Ряполовского, но духовенство вымолило им жизнь. Не терпел Иван и своевольничанья князей во время походов, когда каждый из них со своими войсками действовал на свой страх и риск. Во время похода на Смоленск князья со своими отрядами действовали разрозненно и больше грабили, нежели воевали. Дмитрий пожаловался отцу, и Иван приказал многих князей, участников похода, «за «своеволие» казнить.
В противовес попыткам княжья укрепиться наместниками в своих вотчинах и править ими, как ранее правили они княжествами, Иван вводит обязательную службу с вотчин, ограничивает право владельцев ими распоряжаться, постепенно подчиняет войска князей своим воеводам, часто назначаемым помимо правил «местничества». Растет за счет «родовых» число «пожалованных» вотчин. Уничтожается право «отъезда», да и «отъезжать», собственно говоря, было уже некуда. Оставалась одна Литва, но там господствовала католическая вера и усилились гонения на русских православных. Бояре-«княжята» лишались своей былой власти, постепенно падало и их значение в боярской думе. Придет пора и сын Ивана Васильевича станет гнать их прочь от себя, как «смердов». Но они оставались все же хозяевами своих вотчин, владельцами большей части земель, пользовались привилегиями, данными им некогда по «жалованным грамотам», их влияние было велико, их богатства неисчислимы, их положение в политической жизни страны еще казалось прочным и устойчивым.
Княжье притихло, но не сдалось. Сломить окончательно силу сопротивления этой реакционной группировки господствующего класса феодалов — сколка политической системы феодальной раздробленности, оказался в силах только внук Ивана III Иван Васильевич Грозный.